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R-CCS Cafe 第269回（2024年9月13日）

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開催日 2024年9月13日(金)
開催時間 15:00 - 17:00（15:00 - 15:40　講演者2名による講演、15:50 - 16:10 討論、16:10 - 自由討論とコーヒーブレイク（参加自由））
開催都市 兵庫県神戸市／オンライン
場所

計算科学研究センター（R-CCS）6階講堂／Zoomによる遠隔セミナー
使用言語 発表・スライド共に英語
登壇者

伊東 真吾

粒子系生物物理研究チーム
研究員

Seydou Ba

高性能計算モデリング研究チーム
研究員

講演題目・要旨

1st Speaker: 伊東 真吾


Title:
Allosteric regulation of L-tryptophan syntheses in tryptophan synthase
Abstract:
Tryptophan synthase (TSase), which consists of two subunits, α and β, is a bifunctional enzyme that catalyzes the last two steps of L-tryptophan biosynthesis. The conformational changes of some domains in α and β subunits are strongly coupled with the chemical reactions in each subunit. Using umbrella sampling MD simulations at all-atom and QM/MM models, we revealed that the hydrogen bonds network, called the allosteric network, regulates the conformational change and reactions.

2nd Speaker: Seydou Ba


Title:
Benchmarking activities for architecture evaluation and interconnect network design
Abstract:
In this talk we present benchmarking performances of different node architectures of Fujitsu's A64FX processor (24vs48 cores). We also present our approach to use traces to extract communication patterns from benchmark applications and then to extrapolate future data movement for the design of next-gen interconnect networks.

注意事項

  • 参加の際はPCマイクの音声・ビデオをオフにされるようお願いいたします。
  • 当日の会場環境や通信状態により、やむなく配信を中止・中断する場合がございます。
  • プログラムの内容、時間は予告なく変更される場合があります。
  • ご使用の機器やネットワークの環境によっては、ご視聴いただけない場合がございます。
  • インターネット中継に関する著作権は、主催者及び発表者に帰属します。なお、配信された映像及び音声、若しくはその内容を、理化学研究所の許可無くほかのウェブサイトや著作物等への転載、複製、改変等を行うことを禁じます。

（2024年9月9日）