理化学研究所 計算科学研究センター

メニュー
メニュー

第193回 第2部

第193回 第2部
日時: 2020年7月6日(月)、16:20 - 16:40
(17:05 - 17:20 講演者を交えたフリーディスカッション、
17:20 - 自由討論(参加自由))
場所: BlueJeansによる遠隔セミナー

・講演題目:GENESIS 2.0 for Biomolecular Simulations
・講演者::杉田 有治(粒子系生物物理研究チーム、チームリーダー)
※発表・スライド共に英語

講演要旨: 詳細を見る

We have developed GENESIS software for biomolecular dynamics simulations for the last ten years. Originally, it was designed to utilize K computer, while it is also available on Intel CPU cluster, Intel KNL, and NVIDIA GPU clusters. Since Fugaku, the world fastest supercomputer in 2020, is composed of ARM CPU, we had to optimize GENESIS to Fugaku ARM architecture for the last few years. Co-design between system and application developers has worked well for this purpose. We could achieve significant acceleration of MD simulations using GENESIS on Fugaku compared to the same calculation on K computer. The accuracy in MD simulations has also been improved by introducing more accurate definitions of system temperature and pressure in MD simulations. This allows us to use a longer time step to integrate the equations of motion, suggesting a better performance than the standard simulation conditions. Using GENESIS 2.0 on Fugaku, protein dynamics in longer time scales and in realistic cellular environments is possible for better understanding of structure-dynamics-function relationships in biomacromolecules.

注意事項:
・参加の際はPCマイクの音声・ビデオをオフにされるようお願いいたします。
・当日の会場環境や通信状態により、やむなく配信を中止・中断する場合がございます。
・プログラムの内容、時間は予告なく変更される場合があります。
・ご使用の機器やネットワークの環境によっては、ご視聴いただけない場合がございます。
・インターネット中継に関する著作権は、主催者及び発表者に帰属します。なお、配信された映像及び音声、若しくはその内容を、理化学研究所の許可無くほかのウェブサイトや著作物等への転載,複製,改変等を行うことを禁じます。