計算生命科学の基礎９　Webを用いた生体高分子の立体構造モデリング

生体高分子の立体構造のモデリング法（予測法）は、既存の立体構造を陽に用いる鋳型ベースの方法と、鋳型を用いないデノボ法の二つのアプローチがある。本講義では、比較的少ない計算量で予測できる鋳型ベースのモデリング法を中心に解説する。鋳型ベースのアプローチは、鎖一本の単量体だけではなく、他の分子が結合した複合体の立体構造（タンパク質複合体、化合物・タンパク質複合体）のモデリングにも簡単に拡張でき、その有用性はAlphaFold2以後も変わっていない。本講義では、鋳型ベースのモデリング用のサーバHOMCOSを中心に紹介したあと、AlphaFold2による予測モデルを集めたAlphaFoldDBの活用法についても説明したい。