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ishida-hisashiParticipantコメントありがとうございます。確認の上、HPCIヘルプデスクに問い合わせします。
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ishida-hisashiParticipant小林様
了解いたしました。失礼しました。
石田
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ishida-hisashiParticipant小林様
flat拘束はないとのことで了解しました。あるとそれなりに便利な時があるので、今後の対応を検討していただけるとありがたいです。
通常の拘束[RESTRAINTS]ではBOX内の(a,b)に対して力がかかる、で了解しました。
ちなみに、現在開発中のABMDにおける[ReacCoord]における反応座標の設定も[RESTRAINTS]と同様、BOX内の原子での指定と同じと考えてよろしいですか？
よろしくお願いいたします。
石田
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ishida-hisashiParticipant追加質問です。
例えば200Å×200Å×200ÅのBOXに170Åの長さのDNAがあり、DNAの両端(aとbとします。)を180Åに伸ばすために、
U = k(d – 180Å)^2の拘束ポテンシャルを入れるとします。
この場合、拘束の力はaとbの間にかかるでしょうか？
というのは、隣のBOXにあるDNAの両端(a’とb’とします。)を考えると、aとb’の間の距離＜aとbの間の距離となるので、拘束の力がaとbではなく、aとb’へかかるのかと思えるからです。
私としては拘束の力はaとbの間にかかってほしいのです。
Genesisにおける拘束力（もしくは相互作用）はどのように想定されているのでしょうか？
よろしくお願いいたします。
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ishida-hisashiParticipant森様
> ケースA.2での0.7188から下がったが、この程度はOK?
もしかしたらボクセルサイズの整数倍の数値分、
構造とマップをずらせばcc の値は一致するかもしれません。やってみましたが、少しずらすだけで数値が大きく変わり、傾向があまりつかめておりませんが、MDFitですぐに0.7188以上になりますので、現状で特に問題ないと認識しております。
検討事項についてはありがとうございます。
石田
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ishida-hisashiParticipant修正です。
ケースA.1
[SELECTION]でgroup1からgroup10まで指定
[RESTRAINT]でfunction1-10 = EM, constant1-9 = 5000.0（分子の構造を9分割してEMfit）, constant10 = 0（分子全体のcross-correlation coefficientを表示させる）
（分子を9分割して、それぞれ異なるEM力をかけることを想定している。今回はconstant1-9=5000.0と同じ値を設定） -
ishida-hisashiParticipant森様
量研機構の石田です。
spdynのFlexible Fittingは動作しているようです。整理します。
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ケースA 分子の重心が原点(x=0,y=0,z=0)から離れている場合（MAPの座標も原点から離れている）ケースA.1
[SELECTION]でgroup1からgroup9まで指定
[RESTRAINT]でfunction1-10 = EM, constant1-9 = 5000.0（分子の構造を８分割してEMfit）, constant10 = 0（分子全体のcross-correlation coefficientを表示させる）
（分子を9分割して、それぞれ異なるEM力をかけることを想定している。今回はconstant1-9=5000.0と同じ値を設定）atdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のRESTR_CVS001-009の値は、0.7188, 0.2047, 0.1936, 0.1834, 0.1833, 0.2134, 0.2137, 0.1721, 0.5133となりCVS010は0.6843spdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のEMCORRは2.27ケースA.２
[SELECTION]でケース１のgroup1からgroup9までをorで結合してgroup1のみで指定atdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のRESTR_CVS001の値は、0.7188spdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のEMCORRは0.2293——————————————————————————————–
ケースB 分子の重心をケース１の重心CMを引いて原点に合わせる（MAPのORIGX, ORIGY, ORGZの値を-CMずらす）ケースB.1
[SELECTION]でgroup1からgroup10まで指定
[RESTRAINT]でfunction1-10 = EM, constant1-9 = 5000.0, constant10=0.0atdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のRESTR_CVS001-009の値は、0.7081, 0.2050, 0.2002, 0.1852, 0.1873, 0.1997, 0.1994, 0.1675, 0.5056となりCVS010は 0.6740spdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のEMCORRは6.7402ケースB.2
[SELECTION]でケース１のgroup1からgroup9までをorで結合してgroup1のみで指定atdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のRESTR_CVS001の値は、0.7081
ケースA.2での0.7188から下がったが、この程度はOK?spdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のEMCORRは0.7081
atdyn1の0.7081と一致した。——————————————————————————————–
感想atdynではケースA.1, A.2, B.1, B.2の全てについて妥当な値を出力していると思われる。
spdynでは、ケースB.２のみ妥当な値を出力していると思われる。
spdynでは、どのケースでも計算は実行しているので、今のバージョンでは、何らかの変更が必要と思います。追記：dcdファイルからcross-correlation coefficientを解析するツールはありませんか？
atdynで使う時には、[SELECTION]でMAPにMDfitさせる分子部分構造のgroup、[RESTRAINTS]のconstant=5000.0と、分子全体とマップのcross-correlation coefficientを見るためのgroup、[RESTRAINTS]のconstant=0.0）に分けて、RESTR_CVSの値を解析していたのですが、
spdynでは複数のgroupが使えないようです。希望としてはspdynでも複数のgroup指定ができる。指定できないのであれば、dcdファイルからcross-correlation coefficientを解析できるツールが欲しいです。
検討のほど、よろしくお願いいたします。
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ishida-hisashiParticipant森様
石田です。以下を実行しましたが、特に違いはありませんでした。
1.map2map2を用いて、MRC形式をSITUS形式になおしました。
2.SITUS形式のヘッダーの”1.050000 0.000000 0.000000 0.000000 180 180 180”を”1.050000 -82.000000 -82.000000 -82.000000 180 180 180”に変更しました。
3.入力ファイルのPDBの座標を(-82.0, -82.0, -82.0)平行移動して、分子の重心をほぼ原点に移動しました。
4.可視化ソフトでMAPとPDBが大体一致していることを確認しました。
5.genesis1.6.0のatdynで実行
Input_Emap> Summary of sitfile
voxel size = 1.050
num x increments = 180
num y increments = 180
num z increments = 180
first voxel xcrd – -82.0
second voxel ycrd = -82.0
third voxel ycrd = -82.0
でMAPが(-82.0, -82.0, -82.0)平行移動していることを確認。また、MD出力でRSTST_CVS001の値も0.6842となっていること確認6. Genessi1.6.0のspdynで実行
Input_Emap> Summary of sitfileはatdynの時と同じ
MD出力でRSTST_CVS001は表示されず、EMfitなしのMD実行をしているように見える。以上です。
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ishida-hisashiParticipant森様
EMBL-EBMの電顕データが０＜ｘ、ｙ、ｚ＜１６４にあるので、
PDBのファイルの座標を電顕データに合わせて０＜ｘ、ｙ、ｚ＜１６４としております。前回送りましたのはgenesis-1.5.0での実行でMRCファイルを読んでいるように見えますが？
念のため、genesis-1.6.0をダウンロードしてインストールし、これを使ってみましたが、同じ結果です。Input_Emap> Summary of mrcfileでは
NX NY NZ = 180 180 180
ORIGIN X Y Z = 0.000 0.000 0.000
となっていますが、これはおかしいのですか？-82 < x, y, z, < 82でなくてはならないのであれば、
ORIGIN XY Z = -82.0 -82.0 -82.0
になるようにEMBL-EBMの電顕データを加工しないといけないのですか？spdyn の logファイルはすでに抜粋を記述しましたが、全部張り付ければよろしいのでしょうか？（このforumにおけるファイル送付はどのようにすればできるのでしょうか？）
よろしくお願いいたします。
石田
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ishida-hisashiParticipantすみません。重要ではありませんが、
ERROR: cutoff distance for EM = Inf cell size (parlistdist/2) = 10.250 10.250 8.200
は
ERROR: cutoff distance for EM = Inf cell size (parlistdist/2) = 6.833 6.833 6.833
の間違いでした。 -
ishida-hisashiParticipant森様
回答の程、ありがとうございます。
group1のみで実行しましたが、動作に違いはありませんでした。（spdynではEM-fit計算をしない。）
電顕マップはシミュレーションのユニットセル内に収まっています（可視化ソフトで確認済）
実際、atdynでの出力のRESTR_CVS001には0.6843という値になっております。spdnではRESTR_CVS001の出力はありません。ちなみに富岳では
Input＿Emap＞Summary of sitfile
voxel size x = **********
voxel size y = **********
voxel size z = **********
…
「STEP4] Compute Single Point Energyfor Molecules
ERROR: cutoff distance for EM = Inf cell size (parlistdist/2) = 10.250 10.250 8.200
Compute_Energy_Experimental_Restraint_EMfit> pairlistdist should be larger rank_no = ….
となります。富岳ではSITUS形式として読み込もうとしているように見えます。ちなみに今回の入力ファイルはMRC形式です。
石田
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ishida-hisashiParticipant回答ありがとうございました。
PCクラスターではmpirun -np 40ではなくmpirun -np 48で実行しておりました。
GENESIS-2.0マニュアルのTROUBLE SHOOTINGには
Setup_Processor_Number> MPI Process number can not be defined, please set them manualy rank_no
がなかったので、質問しました。3.1.3 Limitation of the available MPI processors
を読みべきでしたのですね。失礼いたしました。 -
ishida-hisashiParticipant回答のほど、大変ありがとうございました。
pdbfile/ambcrdfile/grocrdfileのいずれのかの指定が必要なのですね。
prmtopのみで十分かと思っておりました。spdynはpdbfile/abmdcrdfileを出力してくれないようなので、自分で作成しないといけませんね（たぶん）。
AMBERをつかって作成してみます。
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ishida-hisashiParticipant小林様
ご回答のほど大変ありがとうございました。試してみます。
石田
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ishida-hisashiParticipant小林様
回答ありがとうございます。
rst_convert
を使って練習してみます。
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