[ishida-hisashi]

量研機構の石田です。

エネルギー最小化のrestartファイルを持ちいてMDを開始しようとしています。
エネルギー最小化の入力ファイルにて
[OUTPUT]
rstfile = min.rst

MDの入力ファイルにて
[INPUT]
rstfile = min.rst
としています。

しかしながら、MDを実行すると
Reat_Rst_Binary> Summary of RST file
num_stoms = 1008859 iseed = 0
boxsize (x,y,z) = 224.000 224.000 224.000
Define_Molecules> coordinates are not present. rank_no = ..

となってしまします。
min.rstはバイナリーなので中身がわかりませんが、それなりの大きさのサイズのファイルで座標値が入っているのだとは思います。

どこが問題なのかご指摘してくださると幸いです。
よろしくお願いいたします。

[ckobayashi]

GENESIS 開発チーム小林です。

restartファイルを読み込んだとしても、分子や原子種等の設定のために[INPUT]内にpdbfile/ambcrdfile/grocrdfileのいずれのかの指定が必要となります。

ですので、minimizationの時に利用された

pdbfile/ambcrdfile/grocrdfile=…

の行をそのままインプット行に追加していただければ動作すると思います。

もちろん、このファイルで記載された座標とBox（存在する場合）のデータはrestartファイルが読み込まれた場合には、restartファイルの座標とBoxのデータと置き換えられます。（その場合は、以下のメッセージがoutputに記載されます: Setup_Restart_Pre> Coordinates were replaced）

よろしくお願いいたします。

小林

[ishida-hisashi]

回答のほど、大変ありがとうございました。

pdbfile/ambcrdfile/grocrdfileのいずれのかの指定が必要なのですね。
prmtopのみで十分かと思っておりました。

spdynはpdbfile/abmdcrdfileを出力してくれないようなので、自分で作成しないといけませんね（たぶん）。

AMBERをつかって作成してみます。

[ckobayashi]

ご返答ありがとうございます。

spdynはpdbfile/abmdcrdfileを出力してくれないようなので、自分で作成しないといけませんね（たぶん）。

 

私が返答を読み違えているかもしれませんが、最初の返信で書いた通り、座標自体はrestartファイルから読み込みますので、PDB/ambcrdの座標はminimizationの最終構造である必要はないです。

そのため、minimizationを実行したときに利用されたpdbfile等をご利用いただければよいと思います。

小林

[ckobayashi]

重ねて申し訳ないですが、以下の”Step1. NVT-MD with positional restraint“にあるように、

pdbfile = ../1_setup/3_solvate/wbox.pdb

と、初期座標のpdbを書いていただきたく思います。

https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/tutorials2019/tutorial-3-2/#Step1_NVT-MD_with_positional_restraint

小林