[ishida-hisashi]

量研機構の石田です。

GENESISのＭＤで出力されるdcdデータでは、通常、原子座標がbox境界を越えていくと思います。
dcdデータ（もしくはなんらかの出力ファイル）を出力する際に、
全ての原子をbox内に入れなおすことはできるでしょうか？

よろしくお願いいたします。

[ckobayashi]

GENESIS 開発チーム小林です。

spdynにはbox内に入れなおしたdcdを出力する機能はありませんが、analysisディレクトリにあるcrd_convertを用いてbox境界を超えるような座標ファイルを変換することができます。

以下のサイトの”Target protein is centered at the origin, and water and ions are wrapped into the unit cell “をご覧いただければと思います。

https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/samples/crd_convert/

よろしくお願いいたします。

小林

[ishida-hisashi]

小林様

ご回答のほど大変ありがとうございました。試してみます。

石田