[ishida-hisashi]

量研機構の石田です。

Cryo-EM flexible fitting MDについての質問です。

GENESISのバージョン：genesis-1.5.0

研究室のPCクラスタ（Intel(R) Xeon(R) E5-2680）を使用しています。

Cryo-EM flexible fitting MDを実行するために、入力ファイルinputをMPIプロセス数128で実行した結果

log_atdyn(atdynで実行)

log_spdyn(spdynで実行)

を出力します（文章の最後の方に示しました。）。log_atdynでは正常実行しているように思われますが、log_spdynでは、EMデータは読み込んでいるようですが、計算には反映されていないように見えます。

GENESIS Tutorial 17.2にcryo-EM flexible fitting MDの説明がありますが、atdynで実行しています。

spdynでは実行できないのでしょうか？

よろしくお願いいたします。

———————————————————————————————————-

入力ファイルは以下の通り

[INPUT]
prmtopfile = ../prmtop
pdbfile = ../min.pdb
reffile = ../min.pdb

[OUTPUT]
dcdfile = em_md001.dcd # DCD trajectory file
rstfile = em_md001.rst # restart file
pdbfile = em_md001.pdb

[ENERGY]
forcefield = AMBER
electrostatic = PME # [CUTOFF,PME]
switchdist = 9.0 # switch distance
cutoffdist = 9.0 # cutoff distance
pairlistdist = 11.0 # pairlist distance
dispersion_corr = EPRESS

[DYNAMICS]
ensemble         = NVT      #
tpcontrol        = BUSSI    # [NO,BERENDSEN,BUSSI,LANGEVIN]
temperature      = 300.00   # initial and target temperature (K)

[BOUNDARY]
type             = PBC
box_size_x       = 164.0000000
box_size_y       = 164.0000000
box_size_z       = 164.0000000

[SELECTION]
group1           = resno:1331-1372 and not hydrogen
group2           = resno:45-135    and not hydrogen
group3           = resno:162-237   and not hydrogen
group4           = resno:255-355   and not hydrogen
group5           = resno:405-491   and not hydrogen
group6           = resno:536-626   and not hydrogen
group7           = resno:653-728   and not hydrogen
group8           = resno:746-846   and not hydrogen
group9           = resno:896-1272  and not hydrogen
group10          = resno:1-1384    and not hydrogen

[RESTRAINTS]
nfunctions       = 10
function1        = EM                  # apply restraints from EM density map
constant1        = 5000.0            # force constant in Ebias = k*(1 – c.c.)
select_index1    = 1                   # apply restraint force on protein heavy atoms
function2        = EM                  # apply restraints from EM density map
constant2        = 5000.0            # force constant in Ebias = k*(1 – c.c.)
select_index2    = 2                   # apply restraint force on protein heavy atoms
function3        = EM                  # apply restraints from EM density map
constant3        = 5000.0            # force constant in Ebias = k*(1 – c.c.)
select_index3    = 3                   # apply restraint force on protein heavy atoms
function4        = EM                  # apply restraints from EM density map
constant4        = 5000.0            # force constant in Ebias = k*(1 – c.c.)
select_index4    = 4                   # apply restraint force on protein heavy atoms
function5        = EM                  # apply restraints from EM density map
constant5        = 5000.0            # force constant in Ebias = k*(1 – c.c.)
select_index5    = 5                   # apply restraint force on protein heavy atoms
function6        = EM                  # apply restraints from EM density map
constant6        = 5000.0            # force constant in Ebias = k*(1 – c.c.)
select_index6    = 6                   # apply restraint force on protein heavy atoms
function7        = EM                  # apply restraints from EM density map
constant7        = 5000.0            # force constant in Ebias = k*(1 – c.c.)
select_index7    = 7                   # apply restraint force on protein heavy atoms
function8        = EM                  # apply restraints from EM density map
constant8        = 5000.0            # force constant in Ebias = k*(1 – c.c.)
select_index8    = 8                   # apply restraint force on protein heavy atoms
function9        = EM                  # apply restraints from EM density map
constant9        = 5000.0            # force constant in Ebias = k*(1 – c.c.)
select_index9    = 9                   # apply restraint force on protein heavy atoms
function10       = EM                  # apply restraints from EM density map
constant10       = 0.0            # force constant in Ebias = k*(1 – c.c.)
select_index10   = 10                  # apply restraint force on protein heavy atoms

[EXPERIMENTS]
emfit            = YES                 # perform EM flexible fitting
emfit_target     = ../data.mrc          # target EM density map
emfit_sigma      = 1.575               # half of the map resolution (3.15 A)
emfit_tolerance  = 0.001               # Tolerance for error (0.1%)
emfit_period     = 1                   # emfit force update period
 

log_atdynは以下の通り（抜粋）

Input_Emap> Summary of mrcfile
NX NY NZ        =        180       180       180
MODE            =          2
NSTART X Y Z    =          0         0         0
MX MY MZ        =        180       180       180
CELLA           =    189.000   189.000   189.000
CELLB           =     90.000    90.000    90.000
MAPC MAPR MAPS  =          1         2         3
DMIN DMAX DMEAN =    -13.189    24.651    -0.000
ORIGIN X Y Z    =      0.000     0.000     0.000
ISPG            =          1
RMS             =      1.000

Setup_Experiments_Emfit> Setup variables for EMFIT
radius/sigma    =      2.340
radius          =      3.685
dx              =      1.050
dy              =      1.050
dz              =      1.050
adjacent grids to calculate density along x =          4
adjacent grids to calculate density along y =          4
adjacent grids to calculate density along z =          4

[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules

STEP            BOND           ANGLE        DIHEDRAL        IMPROPER         VDWAALS   DISP-CORR_ENE           ELECT    RESTRAINT001    RESTRAINT002    RESTRAINT003    RESTRAINT004    RESTRAINT005    RESTRAINT006    RESTRAINT007    RESTRAINT008    RESTRAINT009    RESTRAINT010    RESTR_CVS001    RESTR_CVS002    RESTR_CVS003    RESTR_CVS004    RESTR_CVS005    RESTR_CVS006    RESTR_CVS007    RESTR_CVS008    RESTR_CVS009    RESTR_CVS010

————— ————— ————— ————— —————

0       1209.5604       4453.6483      18590.5388        178.9668     323479.7838      -7218.2298   -2152685.9299       4762.9057       3976.5584       4032.1311       4083.1438       4083.7298       3932.7695       3931.4825       4139.6427       2433.6707          0.0000          0.0474          0.2047          0.1936          0.1834          0.1833          0.2134          0.2137          0.1721          0.5133          0.6843

[STEP5] Perform Molecular Dynamics Simulation

Generate_Velocity> Generate initial velocities
iseed           =     392437
temperature     =    300.000

Random_Init_Velocity> Initialize the random number
seed            = 392437

INFO:       STEP            TIME       TOTAL_ENE   POTENTIAL_ENE     KINETIC_ENE            RMSG            BOND           ANGLE        DIHEDRAL        IMPROPER         VDWAALS   DISP-CORR_ENE           ELECT RESTRAINT_TOTAL    RESTRAINT001    RESTRAINT002    RESTRAINT003    RESTRAINT004    RESTRAINT005    RESTRAINT006    RESTRAINT007    RESTRAINT008    RESTRAINT009    RESTRAINT010    RESTR_CVS001    RESTR_CVS002    RESTR_CVS003    RESTR_CVS004    RESTR_CVS005    RESTR_CVS006    RESTR_CVS007    RESTR_CVS008    RESTR_CVS009    RESTR_CVS010     TEMPERATURE          VOLUME

————— ————— ————— ————— —————

INFO:          0          0.0000   -1296760.9843   -1529933.6728     233172.6884         16.5040       1214.8575       4449.3977      18589.5798        178.9177     324053.5019      -7218.2298   -1906577.7382      35376.0406       4762.9047       3976.5588       4032.1380       4083.1447       4083.7301       3932.7727       3931.4898       4139.6397       2433.6621          0.0000          0.0474          0.2047          0.1936          0.1834          0.1833          0.2134          0.2137          0.1721          0.5133          0.6843        299.7636    4410944.0000

INFO:         10          0.0200   -1295220.7886   -1420317.3845     125096.5960         16.6388       3248.6312       9853.3522      19529.1938        384.0991     359531.3961      -7218.2298   -1841014.8681      35369.0410       4762.3877       3975.7915       4030.2431       4082.1026       4084.1113       3932.2044       3929.9544       4137.7127       2434.5332          0.0000          0.0475          0.2048          0.1940          0.1836          0.1832          0.2136          0.2140          0.1725          0.5131          0.6846        160.8225    4410944.0000

INFO:         20          0.0400   -1294574.9723   -1420558.8531     125983.8808         16.4118       3726.4641      10501.8475      19807.6868        441.0776     332955.8217      -7218.2298   -1816129.1356      35355.6145       4761.8875       3974.1177       4026.9755       4080.6702       4083.2897       3930.8095       3928.7653       4134.3500       2434.7491          0.0000          0.0476          0.2052          0.1946          0.1839          0.1833          0.2138          0.2142          0.1731          0.5131          0.6852        161.9632    4410944.0000

INFO:         30          0.0600   -1294171.0506   -1420777.6758     126606.6253         15.8000       3483.1568       9494.5983      19730.6720        471.3877     285868.0756      -7218.2298   -1767944.8488      35337.5124       4761.9125       3971.9457       4023.3153       4078.2152       4081.5963       3929.6231       3926.1032       4131.0398       2433.7612          0.0000          0.0476          0.2056          0.1953          0.1844          0.1837          0.2141          0.2148          0.1738          0.5132          0.6862        162.7638    4410944.0000

INFO:         40          0.0800   -1293712.8658   -1413842.6882     120129.8224         15.5188       3510.4390       9460.9207      19772.2020        415.6575     259539.1088      -7218.2298   -1734634.9730      35312.1865       4761.5380       3967.8985       4018.6048       4075.5049       4080.1238       3927.8742       3922.7680       4126.2332       2431.6411          0.0000          0.0477          0.2064          0.1963          0.1849          0.1840          0.2144          0.2154          0.1748          0.5137          0.6874        154.4373    4410944.0000

INFO:         50          0.1000   -1293207.1871   -1409623.0311     116415.8440         15.2666       3512.7452       9596.8026      19756.8957        419.1882     239075.3140      -7218.2298   -1710048.3399      35282.5929       4761.5335       3964.3260       4013.0961       4071.8278       4076.6345       3925.7761       3918.5034       4121.1341       2429.7615          0.0000          0.0477          0.2071          0.1974          0.1856          0.1847          0.2148          0.2163          0.1758          0.5140          0.6889        149.6626    4410944.0000

log_spdynは以下の通り（抜粋）

Input_Emap> Summary of mrcfile
NX NY NZ        =        180       180       180
MODE            =          2
NSTART X Y Z    =          0         0         0
MX MY MZ        =        180       180       180
CELLA           =    189.000   189.000   189.000
CELLB           =     90.000    90.000    90.000
MAPC MAPR MAPS  =          1         2         3
DMIN DMAX DMEAN =    -13.189    24.651    -0.000
ORIGIN X Y Z    =      0.000     0.000     0.000
ISPG            =          1
RMS             =      1.000

Setup_Experiments_Emfit> Setup variables for EMFIT
radius/sigma    =      2.340
radius          =      3.685
dx              =      1.050
dy              =      1.050
dz              =      1.050
adjacent grids to calculate density along x =          4
adjacent grids to calculate density along y =          4
adjacent grids to calculate density along z =          4

Setup_PME> Proper PME grid number was generated automatically
pme_ngrid(x,y,z)=        144       144       160
Random_Init> Initialize the random number
seed            = 90467

Setup_Fast_Water> Setup constraints for SETTLE
r0(O-H)         =     0.9572  mass(O)         =    16.0000
r0(H-H)         =     1.5136  mass(H)         =     1.0080

Update_Num_Deg_Freedom> Number of degrees of freedom was updated
num_deg_freedom =     795189 (After setup of SETTLE)
Setup_Rigid_Bond> Setup constrains for SHAKE and RATTLE
num_rigid_bonds =      12320

Update_Num_Deg_Freedom> Number of degrees of freedom was updated
num_deg_freedom =     782869 (After setup of SHAKE/RATTLE)

[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules

STEP            BOND           ANGLE        DIHEDRAL        IMPROPER         VDWAALS   DISP-CORR_ENE           ELECT          EMCORR RESTRAINT_TOTAL

————— ————— ————— ————— —————

0       1209.5604       4453.6483      18590.5388        178.9668     323479.7838      -7218.2298   -2152684.0903          2.2700      34784.8925

[STEP5] Perform Molecular Dynamics Simulation

Initial_Velocity> Generate initial velocities
iseed           =      90467
temperature     =    300.000

Random_Init_Velocity> Initialize the random number
seed            = 90467

INFO:       STEP            TIME       TOTAL_ENE   POTENTIAL_ENE     KINETIC_ENE            RMSG            BOND           ANGLE        DIHEDRAL        IMPROPER         VDWAALS   DISP-CORR_ENE           ELECT          EMCORR RESTRAINT_TOTAL     TEMPERATURE          VOLUME

————— ————— ————— ————— —————
INFO:          0          0.0000   -1187145.4714   -1530523.0301     343377.5587         16.5043       1214.8575       4449.3977      18589.5798        178.9177     324053.5019      -7218.2298   -1906575.9569          2.2700      34784.9020        441.4415    4410944.0000

INFO:         10          0.0200   -1295508.7106   -1420756.7760     125248.0654         16.6430       3233.3980       9885.9459      19531.6563        365.1648     360207.8865      -7218.2298   -1841498.0730          2.2810      34735.4754        161.0172    4410944.0000

INFO:         20          0.0400   -1294852.3587   -1421111.2595     126258.9008         16.4165       3767.9309      10529.5188      19754.4668        443.6872     333685.6414      -7218.2298   -1816707.7814          2.3037      34633.5065        162.3167    4410944.0000

INFO:         30          0.0600   -1294464.1107   -1421358.0672     126893.9565         15.8020       3481.8312       9659.8558      19752.6700        455.4239     286482.7557      -7218.2298   -1768473.6482          2.3331      34501.2741        163.1332    4410944.0000

INFO:         40          0.0800   -1293997.2971   -1414680.9569     120683.6598         15.5172       3522.4966       9472.2344      19740.9110        420.9321     259857.2682      -7218.2298   -1734850.6206          2.3613      34374.0513        155.1493    4410944.0000

INFO:         50          0.1000   -1293459.4597   -1410175.1161     116715.6563         15.2601       3514.3540       9559.5745      19736.5015        420.3649     239059.7562      -7218.2298   -1709518.5264          2.3842      34271.0890        150.0481    4410944.0000

[tmori]

杉田研の森です。SPDYN でも実行できます。

SPDYN と ATDYN のフレキシブルフィッティングの大きな違いとして、GENESIS ver 1.6 マニュアルの 114 ページの ２番目のNote にあるように（すみません、マニュアル中には SPDYN とは書いていないですね。。）、SPDYN の場合、電顕マップ中でフィットさせたい密度の濃い領域は、シミュレーションのユニットセル内に収まっている必要があります。ユニットセルの端の座標は、(X,Y,Z) = 0.5*(±box_size_x, ±box_size_y, ±box_size_z) なので、まずはタンパク質とマップがこの範囲内に入っているか確認していただけますでしょうか。

それから SELECTION セクションのところで分割して原子を選択して、それぞれで EMバイアスをかけておりますが、この選択の仕方だと全体構造をうまくフィッティングさせられないかもしれません。SELECTION セクションで 10 分割するのではなく、

[SELECTION]
group1 = (resno:45-135 or resno: 162-237 or ….) and not hydrogen

のように or でつなげて１つにまとめて

[RESTRAINTS]
nfunctions = 1
function1 = EM
constant1 = 5000.0
select_index1 = 1

だけにするとどうでしょうか。よろしくお願いします。

[ishida-hisashi]

森様

回答の程、ありがとうございます。

group1のみで実行しましたが、動作に違いはありませんでした。（spdynではEM-fit計算をしない。）

電顕マップはシミュレーションのユニットセル内に収まっています（可視化ソフトで確認済）
実際、atdynでの出力のRESTR_CVS001には0.6843という値になっております。spdnではRESTR_CVS001の出力はありません。

ちなみに富岳では
Input＿Emap＞Summary of sitfile
voxel size x = **********
voxel size y = **********
voxel size z = **********
…
「STEP4] Compute Single Point Energyfor Molecules
ERROR: cutoff distance for EM = Inf cell size (parlistdist/2) = 10.250 10.250 8.200
Compute_Energy_Experimental_Restraint_EMfit> pairlistdist should be larger rank_no = ….
となります。富岳ではSITUS形式として読み込もうとしているように見えます。

ちなみに今回の入力ファイルはMRC形式です。

石田

[ishida-hisashi]

すみません。重要ではありませんが、
ERROR: cutoff distance for EM = Inf cell size (parlistdist/2) = 10.250 10.250 8.200
は
ERROR: cutoff distance for EM = Inf cell size (parlistdist/2) = 6.833 6.833 6.833
の間違いでした。

[tmori]

石田様

MRC フォーマットに対応しているのは現状 1.6.0 のみでして、
1.4.0, 1.5.0,  1.5.1 は ATDYN, SPDYN ともに SITUS フォーマットにしか対応していません。
また、2.0 beta は 1.6 と開発時期がずれたため、SITUS フォーマットにしか対応していません。
(ソースコードの sp_experiments.fpp 内で fileio_mrc_mod を読み込んでいれば、MRCに対応しています)

すみません、再度恐縮ですが、PDB ファイル中のタンパク質の
x, y, z 座標は、-82 < x < 82, -82 < y < 82, -82 < z < 82 に収まっていますでしょうか。
もし収まっていない場合は、タンパク質の中心がなるべく原点にくるように
電顕マップと原子座標を平行移動させる必要があります。

もしうまくいかないようでしたら、spdyn の logファイルを添付して頂ければ幸いです。
よろしくお願いします。

[ishida-hisashi]

森様

EMBL-EBMの電顕データが０＜ｘ、ｙ、ｚ＜１６４にあるので、
PDBのファイルの座標を電顕データに合わせて０＜ｘ、ｙ、ｚ＜１６４としております。

前回送りましたのはgenesis-1.5.0での実行でMRCファイルを読んでいるように見えますが？
念のため、genesis-1.6.0をダウンロードしてインストールし、これを使ってみましたが、同じ結果です。

Input_Emap> Summary of mrcfileでは
NX NY NZ = 180 180 180
ORIGIN X Y Z = 0.000 0.000 0.000
となっていますが、これはおかしいのですか？

-82 < x, y, z, < 82でなくてはならないのであれば、
ORIGIN XY Z = -82.0 -82.0 -82.0
になるようにEMBL-EBMの電顕データを加工しないといけないのですか？

spdyn の logファイルはすでに抜粋を記述しましたが、全部張り付ければよろしいのでしょうか？（このforumにおけるファイル送付はどのようにすればできるのでしょうか？）

よろしくお願いいたします。

石田

[tmori]

石田様

失礼しました。私の勘違いでして、コードを見てみると、
確かに 1.5.0 以降で MRC フォーマットを読めるようになっていました。
大変申し訳ありません。(2.0 beta は SITUS のみ対応でした)。

電顕マップは平行移動させる分には問題ないと思います。
SITUS に map2map というツールがありまして、これを使うと簡単にマップを平行移動できます。
あるいは、map2map で MRC を SITUS フォーマット（ASCIIファイル）に変換して、
１行目の原点に関する値をいじれば平行移動できます。
お手数をおかけしますが、まずはタンパク質の中心が原点あたりにくるようにして、
それで改めて計算を実行していただけないでしょうか。

それでさらにエラーが出るようでしたら、 log を精査したいと思います。
よろしくお願いいたします。

森

[ishida-hisashi]

森様

石田です。以下を実行しましたが、特に違いはありませんでした。

1.map2map2を用いて、MRC形式をSITUS形式になおしました。
2.SITUS形式のヘッダーの”1.050000 0.000000 0.000000 0.000000 180 180 180”を”1.050000 -82.000000 -82.000000 -82.000000 180 180 180”に変更しました。
3.入力ファイルのPDBの座標を(-82.0, -82.0, -82.0)平行移動して、分子の重心をほぼ原点に移動しました。
4.可視化ソフトでMAPとPDBが大体一致していることを確認しました。
5.genesis1.6.0のatdynで実行
Input_Emap> Summary of sitfile
voxel size = 1.050
num x increments = 180
num y increments = 180
num z increments = 180
first voxel xcrd – -82.0
second voxel ycrd = -82.0
third voxel ycrd = -82.0
でMAPが(-82.0, -82.0, -82.0)平行移動していることを確認。また、MD出力でRSTST_CVS001の値も0.6842となっていること確認

6. Genessi1.6.0のspdynで実行
Input_Emap> Summary of sitfileはatdynの時と同じ
MD出力でRSTST_CVS001は表示されず、EMfitなしのMD実行をしているように見える。

以上です。

[tmori]

石田様

ありがとうございます。
SPDYN の log ファイルでは、EM bias 項の  c.c. は “EMCORR” の列に表示されます。
（ややこしくて申し訳ありません。。）
EMCORR が表示されていて、0.6842 になっておりますでしょうか。
もし表示されていたら、Flexible fitting が正しく実行されているはずです。

森

[ishida-hisashi]

森様

量研機構の石田です。

spdynのFlexible Fittingは動作しているようです。整理します。
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ケースA　分子の重心が原点(x=0,y=0,z=0)から離れている場合（MAPの座標も原点から離れている）

ケースA.1
[SELECTION]でgroup1からgroup9まで指定
[RESTRAINT]でfunction1-10 = EM, constant1-9 = 5000.0（分子の構造を８分割してEMfit）, constant10 = 0（分子全体のcross-correlation coefficientを表示させる）
（分子を9分割して、それぞれ異なるEM力をかけることを想定している。今回はconstant1-9=5000.0と同じ値を設定）

atdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のRESTR_CVS001-009の値は、0.7188, 0.2047, 0.1936, 0.1834, 0.1833, 0.2134, 0.2137, 0.1721, 0.5133となりCVS010は0.6843

spdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のEMCORRは2.27

ケースA.２
[SELECTION]でケース１のgroup1からgroup9までをorで結合してgroup1のみで指定

atdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のRESTR_CVS001の値は、0.7188

spdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のEMCORRは0.2293

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ケースB　分子の重心をケース１の重心CMを引いて原点に合わせる（MAPのORIGX, ORIGY, ORGZの値を-CMずらす）

ケースB.1
[SELECTION]でgroup1からgroup10まで指定
[RESTRAINT]でfunction1-10 = EM, constant1-9 = 5000.0, constant10=0.0

atdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のRESTR_CVS001-009の値は、0.7081, 0.2050, 0.2002, 0.1852, 0.1873, 0.1997, 0.1994, 0.1675, 0.5056となりCVS010は 0.6740

spdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のEMCORRは6.7402

ケースB.2
[SELECTION]でケース１のgroup1からgroup9までをorで結合してgroup1のみで指定

atdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のRESTR_CVS001の値は、0.7081
ケースA.2での0.7188から下がったが、この程度はOK?

spdynで[STEP4] Compute Single Point Energy for Molecules
のEMCORRは0.7081
atdyn1の0.7081と一致した。

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感想

atdynではケースA.1, A.2, B.1, B.2の全てについて妥当な値を出力していると思われる。

spdynでは、ケースB.２のみ妥当な値を出力していると思われる。
spdynでは、どのケースでも計算は実行しているので、今のバージョンでは、何らかの変更が必要と思います。

追記：dcdファイルからcross-correlation coefficientを解析するツールはありませんか？
atdynで使う時には、[SELECTION]でMAPにMDfitさせる分子部分構造のgroup、[RESTRAINTS]のconstant=5000.0と、分子全体とマップのcross-correlation coefficientを見るためのgroup、[RESTRAINTS]のconstant=0.0）に分けて、RESTR_CVSの値を解析していたのですが、
spdynでは複数のgroupが使えないようです。

希望としてはspdynでも複数のgroup指定ができる。指定できないのであれば、dcdファイルからcross-correlation coefficientを解析できるツールが欲しいです。

検討のほど、よろしくお願いいたします。

[ishida-hisashi]

修正です。

ケースA.1
[SELECTION]でgroup1からgroup10まで指定
[RESTRAINT]でfunction1-10 = EM, constant1-9 = 5000.0（分子の構造を9分割してEMfit）, constant10 = 0（分子全体のcross-correlation coefficientを表示させる）
（分子を9分割して、それぞれ異なるEM力をかけることを想定している。今回はconstant1-9=5000.0と同じ値を設定）

[tmori]

石田様

ありがとうございます。

> ケースA.2での0.7188から下がったが、この程度はOK?
もしかしたらボクセルサイズの整数倍の数値分、
構造とマップをずらせばcc の値は一致するかもしれません。

> dcdファイルからcross-correlation coefficientを解析するツールはありませんか？
GENESIS にはそのようなツールはありません。
現状では dcd ファイルを出力するタイミングでエネルギーのログを書き出すしかないです。
他のツールですと、mdffi が便利だと思います。
https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node137.html
ただ、計算の仕方が違うせいか、GENESIS の c.c. とは若干異なる値が出てきます。

> 希望としてはspdynでも複数のgroup指定ができる。指定できないのであれば、dcdファイルからcross-correlation coefficientを解析できるツールが欲しいです。
複数の group 指定はできそうか検討してみます。c.c. 解析ツールも検討致します。

それからマニュアルについてももっとわかりやすく記述しようと思います。
よろしくお願いいたします。

森

[ishida-hisashi]

森様

> ケースA.2での0.7188から下がったが、この程度はOK?
もしかしたらボクセルサイズの整数倍の数値分、
構造とマップをずらせばcc の値は一致するかもしれません。

やってみましたが、少しずらすだけで数値が大きく変わり、傾向があまりつかめておりませんが、MDFitですぐに0.7188以上になりますので、現状で特に問題ないと認識しております。

検討事項についてはありがとうございます。

石田