[ishida-hisashi]

量研機構の石田です。

拘束 restraintについての質問です。

例えば、ある原子iとある原子jの原子間について距離r1以下、距離r2以上では拘束をかけ、距離がr1からr2では拘束をかけないようにしたいのですが、可能でしょうか？（つまりflatがあるharmonic potentialを入れる。）

User Guideには記述されていないように思います。

よろしくお願いいたします。

[ishida-hisashi]

追加質問です。

例えば200Å×200Å×200ÅのBOXに170Åの長さのDNAがあり、DNAの両端(aとbとします。)を180Åに伸ばすために、

U = k(d – 180Å)^2の拘束ポテンシャルを入れるとします。

この場合、拘束の力はaとbの間にかかるでしょうか？

というのは、隣のBOXにあるDNAの両端(a’とb’とします。)を考えると、aとb’の間の距離＜aとbの間の距離となるので、拘束の力がaとbではなく、aとb’へかかるのかと思えるからです。

私としては拘束の力はaとbの間にかかってほしいのです。

Genesisにおける拘束力（もしくは相互作用）はどのように想定されているのでしょうか？

よろしくお願いいたします。

[ckobayashi]

GENESIS開発チーム、小林です。

 

最初の質問(双方向flat bottom)については、対応していません。

２番目の質問ですが、まずGENESISの距離の拘束力は通常の拘束([RESTRAINTS]で設定)とlocal restraintの２つがあります。挙げられた例は通常の拘束でしか対応していないので、そこに絞って回答します。(local restraintの場合は別)

通常の拘束では入力されたシミュレーションボックスでの位置（この場合はa,b)に対してかかります。

よろしくお願いいたします。

小林

[ishida-hisashi]

小林様

flat拘束はないとのことで了解しました。あるとそれなりに便利な時があるので、今後の対応を検討していただけるとありがたいです。

通常の拘束[RESTRAINTS]ではBOX内の(a,b)に対して力がかかる、で了解しました。

ちなみに、現在開発中のABMDにおける[ReacCoord]における反応座標の設定も[RESTRAINTS]と同様、BOX内の原子での指定と同じと考えてよろしいですか？

よろしくお願いいたします。

石田

 

[ckobayashi]

石田様

申し訳ございませんが、このforumは現在公開中のGENESISに対する質問を受け付けています。

それ以外の件については、別途担当者にお尋ねください。

 

小林

[ishida-hisashi]

小林様

了解いたしました。失礼しました。

石田