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ishida-hisashiParticipant量研機構の石田です。
拘束 restraintについての質問です。
例えば、ある原子iとある原子jの原子間について距離r1以下、距離r2以上では拘束をかけ、距離がr1からr2では拘束をかけないようにしたいのですが、可能でしょうか?(つまりflatがあるharmonic potentialを入れる。)
User Guideには記述されていないように思います。
よろしくお願いいたします。
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ishida-hisashiParticipant追加質問です。
例えば200Å×200Å×200ÅのBOXに170Åの長さのDNAがあり、DNAの両端(aとbとします。)を180Åに伸ばすために、
U = k(d – 180Å)^2の拘束ポテンシャルを入れるとします。
この場合、拘束の力はaとbの間にかかるでしょうか?
というのは、隣のBOXにあるDNAの両端(a’とb’とします。)を考えると、aとb’の間の距離<aとbの間の距離となるので、拘束の力がaとbではなく、aとb’へかかるのかと思えるからです。
私としては拘束の力はaとbの間にかかってほしいのです。
Genesisにおける拘束力(もしくは相互作用)はどのように想定されているのでしょうか?
よろしくお願いいたします。
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ckobayashiModeratorGENESIS開発チーム、小林です。
最初の質問(双方向flat bottom)については、対応していません。
2番目の質問ですが、まずGENESISの距離の拘束力は通常の拘束([RESTRAINTS]で設定)とlocal restraintの2つがあります。挙げられた例は通常の拘束でしか対応していないので、そこに絞って回答します。(local restraintの場合は別)
通常の拘束では入力されたシミュレーションボックスでの位置(この場合はa,b)に対してかかります。
よろしくお願いいたします。
小林
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ishida-hisashiParticipant小林様
flat拘束はないとのことで了解しました。あるとそれなりに便利な時があるので、今後の対応を検討していただけるとありがたいです。
通常の拘束[RESTRAINTS]ではBOX内の(a,b)に対して力がかかる、で了解しました。
ちなみに、現在開発中のABMDにおける[ReacCoord]における反応座標の設定も[RESTRAINTS]と同様、BOX内の原子での指定と同じと考えてよろしいですか?
よろしくお願いいたします。
石田
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ckobayashiModerator石田様
申し訳ございませんが、このforumは現在公開中のGENESISに対する質問を受け付けています。
それ以外の件については、別途担当者にお尋ねください。
小林
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ishida-hisashiParticipant小林様
了解いたしました。失礼しました。
石田
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