[ishida-hisashi]

量研機構の石田です。

GENESISを
京都大学　学術情報メディアセンター　スーパーコンピュータCray XC40（システムA）で利用しています。

そして、Cray XC40が採用しているIntel Xeion Phiプロセッサを同じく採用している
北海道大学　情報基盤センターのスーパーコンピュータシステム Polaire（サブシステムB）でも、GENESISを利用しようとしています。残念ながら、PolaireではGENESISがプリインストールされておりません。

そこで、GENESISプログラムを自分でインストールしました。

(1) autoreconf を実行

(2) ./configure –enable-single FC=mpiifort CC=cc F77=mpiifort を実行

(3) 生成されたMakefileについて -acMIC-AVC512を-xMIC-AVX512に変更する

(4) make を実行する

これでspdynも実行できるのですが、スーパーコンピュータCray XC40（システムA）での実行より5倍程度、計算速度が遅いのです。

どうすれば、計算速度を上がるのか教えてくださるとありがたいです。

よろしくお願いいたします。

[ckobayashi]

GENESIS開発チーム、小林です。

まず最初に、私自身はどちらのスパコンセンターでの現在のハードウェア、ソフトの設定について何も存じ上げないので、全く的外れな事を述べている可能性はあるということは申し上げます。

以前、別の場所で同様の問題があり、その際は実行時コマンドが原因で速度が低下していました。

1. Xeon Phi 7250はご存知のように1コアで4スレッドが利用できます。速度が出ないマシンでのスレッド数の設定はいかがでしょうか？
2. <span style=”font-size: small;”>mpiexec.hydraのオプションでnumactl –preferred=1</span>などの設定はされているのでしょうか？

最後に同じCPUで同様にコンパイルして性能が出ない場合は、各センターでの設定やジョブの実行方法等の要因も考えられます。その場合は各センター、もしくはHPCIプロジェクトの利用でしたらHPCIヘルプデスクにお問い合わせいただけると幸いです。これは他の方にもお知らせしたいことですが、GENESIS開発チームはHPCIや各センターからの問い合わせにも対応していますので、そちらと協力することでマシン設定に合ったフォローができると思います。

よろしくお願いいたします。

[ishida-hisashi]

コメントありがとうございます。確認の上、HPCIヘルプデスクに問い合わせします。