[tmori]

Sorry, I am not an expert on GaMD…
I will await comments from someone else,
but I think it would be good to read some papers on GaMD.

[tmori]

First, do you get the same problem with implicit_solvent = NONE?
Then, what happens if you remove the reffile line from the [INPUT] section?
reffile should be specified when the positional restraint is applied.

Bests,
Takaharu Mori

[tmori]

Please see the User manual p.28 Table 3.1.
GaMD should be available in not only atdyn but also spdyn.
But, implicit solvent is only available in atdyn.

Bests,
Takaharu Mori

[tmori]

Yes, it is possible.
First, please prepare the control file for GaMD.
Then, in the case of GBSA, please add “implicit_solvent = GBSA” in the [ENERGY] section.
For details, see the User manual Chapter 6 or Tutorial 2022 Chapter 8.1.

Bests,
Takaharu Mori

[tmori]

For the REMD test using GPU version of spdyn,
“regression_test/test_remd_spdyn/T-REMD_RESPA” is available.
Please try this test set.

Thank you,
Takaharu Mori

[tmori]

I think in the regression tests for REMD, GPU version of spdyn is not available.
This is simply because we did not prepare such test options. We are sorry for the confusion.
Of course, you can perform REMD simulations with GPU spdyn.
Basically, GPGPU calculation in spdyn requires “electrostatic = PME” (not CUTOFF).

Best regards,
Takaharu Mori

[tmori]

As shown in the user manual (p. 18 “Run the additional tests”),
there is an example command for GPU tests:

$ ./test.py “mpirun -np 8 ~/genesis/genesis-1.6.1/bin/spdyn” gpu

Did you successfully finish this test?

Bests,
Takaharu Mori

[tmori]

Could you try to execute spdyn in the subdirectory “./test_remd_common/H-REMD_DIHED”
without using “test_remd.py”?

For example, please type the following commands:
$ export OMP_NUM_THREADS=1
$ mpirun -np 8 /PATH_TO_GENESIS/bin/spdyn inp > test.log

If you could obtain output files, the problem might lie in the python script or command rather than GENESIS.

Bests,
Takaharu Mori

[tmori]

石田様

ありがとうございます。

> ケースA.2での0.7188から下がったが、この程度はOK?
もしかしたらボクセルサイズの整数倍の数値分、
構造とマップをずらせばcc の値は一致するかもしれません。

> dcdファイルからcross-correlation coefficientを解析するツールはありませんか？
GENESIS にはそのようなツールはありません。
現状では dcd ファイルを出力するタイミングでエネルギーのログを書き出すしかないです。
他のツールですと、mdffi が便利だと思います。
https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node137.html
ただ、計算の仕方が違うせいか、GENESIS の c.c. とは若干異なる値が出てきます。

> 希望としてはspdynでも複数のgroup指定ができる。指定できないのであれば、dcdファイルからcross-correlation coefficientを解析できるツールが欲しいです。
複数の group 指定はできそうか検討してみます。c.c. 解析ツールも検討致します。

それからマニュアルについてももっとわかりやすく記述しようと思います。
よろしくお願いいたします。

森

[tmori]

石田様

ありがとうございます。
SPDYN の log ファイルでは、EM bias 項の  c.c. は “EMCORR” の列に表示されます。
（ややこしくて申し訳ありません。。）
EMCORR が表示されていて、0.6842 になっておりますでしょうか。
もし表示されていたら、Flexible fitting が正しく実行されているはずです。

森

[tmori]

石田様

失礼しました。私の勘違いでして、コードを見てみると、
確かに 1.5.0 以降で MRC フォーマットを読めるようになっていました。
大変申し訳ありません。(2.0 beta は SITUS のみ対応でした)。

電顕マップは平行移動させる分には問題ないと思います。
SITUS に map2map というツールがありまして、これを使うと簡単にマップを平行移動できます。
あるいは、map2map で MRC を SITUS フォーマット（ASCIIファイル）に変換して、
１行目の原点に関する値をいじれば平行移動できます。
お手数をおかけしますが、まずはタンパク質の中心が原点あたりにくるようにして、
それで改めて計算を実行していただけないでしょうか。

それでさらにエラーが出るようでしたら、 log を精査したいと思います。
よろしくお願いいたします。

森

[tmori]

石田様

MRC フォーマットに対応しているのは現状 1.6.0 のみでして、
1.4.0, 1.5.0,  1.5.1 は ATDYN, SPDYN ともに SITUS フォーマットにしか対応していません。
また、2.0 beta は 1.6 と開発時期がずれたため、SITUS フォーマットにしか対応していません。
(ソースコードの sp_experiments.fpp 内で fileio_mrc_mod を読み込んでいれば、MRCに対応しています)

すみません、再度恐縮ですが、PDB ファイル中のタンパク質の
x, y, z 座標は、-82 < x < 82, -82 < y < 82, -82 < z < 82 に収まっていますでしょうか。
もし収まっていない場合は、タンパク質の中心がなるべく原点にくるように
電顕マップと原子座標を平行移動させる必要があります。

もしうまくいかないようでしたら、spdyn の logファイルを添付して頂ければ幸いです。
よろしくお願いします。

[tmori]

杉田研の森です。SPDYN でも実行できます。

SPDYN と ATDYN のフレキシブルフィッティングの大きな違いとして、GENESIS ver 1.6 マニュアルの 114 ページの ２番目のNote にあるように（すみません、マニュアル中には SPDYN とは書いていないですね。。）、SPDYN の場合、電顕マップ中でフィットさせたい密度の濃い領域は、シミュレーションのユニットセル内に収まっている必要があります。ユニットセルの端の座標は、(X,Y,Z) = 0.5*(±box_size_x, ±box_size_y, ±box_size_z) なので、まずはタンパク質とマップがこの範囲内に入っているか確認していただけますでしょうか。

それから SELECTION セクションのところで分割して原子を選択して、それぞれで EMバイアスをかけておりますが、この選択の仕方だと全体構造をうまくフィッティングさせられないかもしれません。SELECTION セクションで 10 分割するのではなく、

[SELECTION]
group1 = (resno:45-135 or resno: 162-237 or ….) and not hydrogen

のように or でつなげて１つにまとめて

[RESTRAINTS]
nfunctions = 1
function1 = EM
constant1 = 5000.0
select_index1 = 1

だけにするとどうでしょうか。よろしくお願いします。

[tmori]

Could you try using small number of CPU cores in Step 4?

For example,

make -j 2

or

make

 

Takaharu Mori

[tmori]

石田様

 

平均構造を計算する avecrd_analysis のコントロールファイルについてだと思うのですが、

内部でやっている計算は以下の通りで、

1) 全スナップショットを参照構造にフィットさせながら平均構造を計算

2) 得られた平均構造に、全スナップショットをフィットさせながら平均構造を計算

3) さらに得られた平均構造に、全スナップショットをフィットさせながら平均構造を計算

4) …

を計算しています。この繰り返し回数が、num_iteration です。

 

解析ツールのマニュアルは、申し訳ないのですが現時点であまり充実させておりません。

[OPTION] セクションは各ツールによって異なります。

近いうちにウェブサイトにコントロールファイルのサンプルを置きながら

各ツールを解説していく予定です。

 

GENESIS 開発チーム

森