[ishida-hisashi]

量研機構の石田です。
tutorial-4.3 RMSF解析についての質問です。
turorial-4.3にあるrun1.inpの
[OPTION]
check_only = NO (YES/NO)
num_iteration = 10 # number of iterations
analysis_atom = 1 # analysis target atom group

のnum_iterationの意味が分かりません。というか
GENESIS User Guide 1.4.0には[OPTION] sectionが見つかりませんので、
[OPTION]にある記述が理解できません。

他のtutorialにも[OPTION]が多数あります。
[OPTION] sectionにあるcheck_only, num_iteration, analysis_atomは
どのGENEIS　User Guideに記述されているのでしょうか？（最新のUser Guideはどこにあるのでしょうか？）

つまらない質問ですみません。

[tmori]

石田様

 

平均構造を計算する avecrd_analysis のコントロールファイルについてだと思うのですが、

内部でやっている計算は以下の通りで、

1) 全スナップショットを参照構造にフィットさせながら平均構造を計算

2) 得られた平均構造に、全スナップショットをフィットさせながら平均構造を計算

3) さらに得られた平均構造に、全スナップショットをフィットさせながら平均構造を計算

4) …

を計算しています。この繰り返し回数が、num_iteration です。

 

解析ツールのマニュアルは、申し訳ないのですが現時点であまり充実させておりません。

[OPTION] セクションは各ツールによって異なります。

近いうちにウェブサイトにコントロールファイルのサンプルを置きながら

各ツールを解説していく予定です。

 

GENESIS 開発チーム

森