[hikaru-muto]

https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/tutorials2022/tutorial-13-1/

のGENESIS Tutorialの8. MBAR analysis of the free energy profile along with the imagesでは下のような入力ファイルが用意されています。

 

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[INPUT] 
psffile            = ../1_setup/wbox.psf
pdbfile            = ../1_setup/start.pdb
pathfile           = ../6_rpath_prod/last.path  # file of final pathway
cvfile             = ../7_umbrella/umb_{}.cv    # collective variable file

[OUTPUT] 
fenefile           = fene.dat             # relative free energy file
weightfile         = {}.weight            # weight file

[MBAR] 
dimension          = 1       # dimension of the free energy profile
num_replicas       = 16      # number of replicas
input_type         = CV      # type of input file
nblocks            = 1
newton_iteration   = 100
temperature        = 300.0
target_temperature = 300.0
tolerance          = 10E-08
rest_function1     = 1 2
read_ref_path      = 0       # reference for each replica is defined explicitly

[RESTRAINTS] 
constant1          = 0.006092 0.006092 0.006092 0.006092 \
                     0.006092 0.006092 0.006092 0.006092 \
                     0.006092 0.006092 0.006092 0.006092 \
                     0.006092 0.006092 0.006092 0.006092
reference1         =  -58.08  -64.89  -76.07  -84.94 \
                      -96.24  -94.15  -89.72  -86.64 \
                      -84.33  -78.93  -83.10  -85.77 \
                      -80.74  -68.85  -62.55  -61.05
is_periodic1       = YES
box_size1          = 360.0

constant2          = 0.006092 0.006092 0.006092 0.006092 \
                     0.006092 0.006092 0.006092 0.006092 \
                     0.006092 0.006092 0.006092 0.006092 \
                     0.006092 0.006092 0.006092 0.006092
reference2         =  -48.95  -35.02  -24.24  -11.48 \
                       -0.95   14.45   29.34   44.57 \
                       59.94   74.49   89.46  104.77 \
                      119.45  129.44  143.63  159.10
is_periodic2       = YES
box_size2          = 360.0
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box_size1と2はおそらくstart.pdbのbox sizeなのですがminimizationで指定されているbox_x,y,z=50.2と異なるのはなぜかがわかりません。

reference1と2はどのような意味を持っていて(例:start.pdbの構造とのRMSD）どのように設定すればよいのかがわかりません。


どうかよろしくお願い申し上げます。

[ckobayashi]

GENESIS開発グループ 小林です

 

このチュートリアルでのstring法計算では、Collective variable(CV)は二面角(ΦとΨ)が使われています。

（初期パスを作成するSteered MDはRMSDを変化させていますが、string法計算ではCVが２つの二面角になっています）

そのためMBAR計算での”reference1, 2″はCVに相当します。

２面角の範囲は0-360度で周期性を持っているので、”is_periodic[1,2]”はYESを選択します。

ここでのbox_size[1,2]はシミュレーションシステムのサイズではなく、CVが周期性を持っている場合の最大値を示しています。そのため、360を選ぶ必要があります。

 

よろしくお願いします。