小林様
ご返信いただきありがとうございます。
cg_convertは用途が違うとのこと、承知いたしました。
また、ご指摘いただいたcrd_convertのログ[STEP2]を確認したところ、num_bonds=0、num_molecules=残基数となっておりました。
genesis_cg_tool(aa_2_cg.jl)を使ってインプットファイル群を作っていましたので、psfではなくgrotopを読み込む設定にしたところ、num_bonds=残基数-1、num_molecules=1となり、各modelの最後のみTERが付くpdbファイルを得られました。
今回crd_convertのサンプルページに合わせてpsfを読み込んでいたのですが、aa_2_cg.jlで出力できるpsfは他の解析に使用するためのものでコンバーターに使うものではなかったという理解でいいのでしょうか？
問題自体は解決しましたので勉強のためという形になりますが、ご教示いただけますと幸いです。
よろしくお願いいたします。
