[yukoito]

産総研の伊藤と申します。

Y. Matsunaga, et al. 2012 で使われていた

PCAで拘束をかけたTMDを行いたいのですが、

この手法はatdynでのみ可能なのでしょうか？

 

[yasu]

伊藤さま

ご質問ありがとうございます。お返事が遅くなってしまい申し訳ありませんでした。

ご質問の通り Y. Matsunaga, et al. PLoS Comput. Biol. 2012では
Principal Component空間(20次元)で、Q0からQ1へ向けて一直線にRestraintを動かす
シミュレーションを行ってストリング法の初期パスを作っています。
しかしすみません、この論文ではGENESISではなく、mu2libというソフトのほうを使っています。
現在のGENESISでは、atdynは普通のPCA拘束に対応していますが(申し訳ないですがspdynはまだ対応してません、マニュアルを修正します)、
Restraintを動かす(TMDともSteered MDとも呼ばれる)計算には対応していません。

もし目的の構造へとにかく変化させたいということであれば、RMSDベースのTMDもしくはSteered MDが使用できます。
マニュアルの Chapter6 Dynamics をご覧ください
http://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/?smd_process_download=1&download_id=6320

また、もしTMDのあとでストリング法を行いたいということであれば、
rpath_generatorというセットアップツールがGENESISに付属していますのでそれをお使いください。
rpath_generatorはTMD/SteeredMDのトラジェクトリを処理してストリング法の入力を作成します。
簡単にですが、rpath_generatorについてTutorialで解説しています：
http://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/tutorial/advanced_md_tutorials/tutorial-3-2/#324Prepare_inputs_forstring_method_rpath_generator

他にご不明な点等ございましたら遠慮なくご連絡ください。

松永