[h-motomura]

九州大学 神田研究室の本村肇です。dcdファイルの抽出方法について、お尋ねしたいことがございます。

例えば、以下のチュートリアル（BPTIのMinimization）では1,000ステップの計算が実行されています。計算後、1,000ステップのdcdファイルから、100ステップ（例：200ステップから300ステップまで）をdcdファイルとして抽出する方法をご教示頂きたく思います。

https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/tutorial/basic_md_tutorials/tutorial-1-1/#112_Minimization_with_restraints_on_the_protein

急いでおりませんので、お時間のある時にご対応頂けますと幸いです。お手数ですが、よろしくお願い致します。

[tmori]

本村様

 

GENESIS の解析ツールでは今のところできませんが、他のソフトウェアを用いることで可能です。

VMD を用いる場合は、dcd ファイルを読み込んだ後、Main window の File タブから Save Coordinates を選び、 File type で “dcd” , Frames で 出力したいフレーム範囲を指定します。Selected atoms には all などを指定します。

catdcd を用いると、コマンドライン上で同様の処理ができます。catdcd の詳細な使い方は以下をご参照下さい。

https://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/catdcd/

 

GENESIS 開発チーム 森