[masa-sugi]

お世話になっております。東京工業大学にて研究員をしております杉田と申します。

Genesisを用いて拘束をかけたシミュレーションを行いたいのですが、

その際に2点間の距離のz軸方向成分のみに関して拘束をかけることは可能でしょうか。

あるいはGROUPで指定した分子の重心に関するポジションの拘束をかけることは可能でしょうか。

ご教示いただければ幸いです。

どうぞよろしくお願い申し上げます。

[tmori]

杉田様

 

GENESIS 開発チームの森です。1) 2点間の距離のz軸方向成分のみに関する束縛、 2) GROUPで指定した分子の重心に関するポジションの束縛、については現在公開中の GENESIS には導入されておりません。

1) については、もし ATDYN を利用されているのでしたら、ソースコード ./src/atdyn/at_energy_restraints.fpp 内の subroutine compute_energy_distance_restraint 中で、work あるいは force の計算に関する部分を改変するだけでできると思います。SPDYNも同様です。

2) 1.5.0 以降で導入する予定となっておりますが、具体的な公開日はまだ決まっておりません。

よろしくお願いします。

 

森

[masa-sugi]

森様

 

ご返信いただきましてありがとうございます。

1),2)共に承知致しました。

 

杉田