[ekimoto]

GENESIS開発チーム御中、

横浜市大の浴本です。いつも、お世話になっております。ハロゲン原子Clを含むリガンドータンパク質複合体のMDをする機会がありまして、charmm-guiにてインプットファイルを作成いたしました。
GENESIS v 1.5.1を用いてMDを実行したところ、Read_Psf ERROR: NUMLPH is not allowed
となり、どうも、Cl-LPHのバーチャル原子LPH部分のpsfが読めず、困っております。

psfでは、
2         6 !NUMLP NUMLPH
2         1   CL  1.64000       0.00000       0.00000
2         4   CL  1.64000       0.00000       0.00000
15299     15278     15265     15300     15279     15266
の部分となります。
GENESISは、非対応でしょうか。読み込ませる方法がございましたら、ご教示いただけませんでしょうか
どうぞ、よろしくお願いいたします
浴本亨

[ckobayashi]

GENESIS開発チーム、小林です。

現在、GENESISでは、ハロゲン原子などで用いられるlone pair項は非対応となっております。

よろしくお願いいたします。

[ekimoto]

GENESISチーム　小林様、

横浜市大の浴本です。お忙しいところ、ご回答をいただき、ありがとうございます。今後、対応のご予定はありますでしょうか

FEPが入ったということと、Oshima et al., JCIM 2020を拝見して、非常に良い方法もご提案されており、また、charmm-guiとのインプットファイルなどの連携も進んでいるようで、ぜひ、試してみたいと思った系でして、もし、対応の予定がありましたら、ぜひとも、genesisで進められないかと考えております。

Oshima et al.で扱われたリガンドには出てきませんでしたが、医薬品候補化合物では、FやClはわりとある（Brはごくたまに）、リガンドに使われる原子だと思いまして、他のユーザーからの要望は出ないのかなと、ふと、思った次第です

今後とも、どうぞ、よろしくお願いいたします
浴本亨