量研機構の石田です。
(genesis2.0を使った)REMD計算において、リスタートファイルをあるステップ毎に出力するようにrstout_periodを指定したのですが、指定通りには出力していないように思えます。(User GuideのREMDにも書いてあるようには見えません。)
ソースコード全体は理解してはおりませんが、src/spdyn/run_remdにおいて ! MD main loopでMDに関するルーチンが動作します。(vverlet_dynamicsなど)そしてトラジェクトリーやリスタートファイルの出力にはsrc/spdyn/sp_outputにあるoutput_mdがrstout_period毎にoutput_restart_mdをcallしていますが、output_restart_mdの中でremd実行時には何もしないでreturnさせることが( if (output$replica) & return )、リスタートファイルを指定通りには出力しない原因のように思えます。
実際には、run_remdにおけるoutput_remdでREMDのexchange_period毎にリスタートファイルを出力しているようです。
私の理解でよいでしょうか?(もしそうならば、REMDのときは、rstout_periodは無視されて、exchange_period毎に出力するとmessageを出力するか、User Guideにその旨が記述されてあると幸いです。)間違いがあれば、ご指摘ください。
よろしくお願いいたします。