[ishida-hisashi]

量研機構の石田です。

(genesis2.0を使った)REMD計算において、リスタートファイルをあるステップ毎に出力するようにrstout_periodを指定したのですが、指定通りには出力していないように思えます。（User GuideのREMDにも書いてあるようには見えません。）

ソースコード全体は理解してはおりませんが、src/spdyn/run_remdにおいて　! MD main loopでMDに関するルーチンが動作します。(vverlet_dynamicsなど）そしてトラジェクトリーやリスタートファイルの出力にはsrc/spdyn/sp_outputにあるoutput_mdがrstout_period毎にoutput_restart_mdをcallしていますが、output_restart_mdの中でremd実行時には何もしないでreturnさせることが( if (output$replica) & return )、リスタートファイルを指定通りには出力しない原因のように思えます。

実際には、run_remdにおけるoutput_remdでREMDのexchange_period毎にリスタートファイルを出力しているようです。

私の理解でよいでしょうか？（もしそうならば、REMDのときは、rstout_periodは無視されて、exchange_period毎に出力するとmessageを出力するか、User Guideにその旨が記述されてあると幸いです。）間違いがあれば、ご指摘ください。

よろしくお願いいたします。

[ckobayashi]

石田様

 

GENESIS開発チーム、小林です。

exchange_period/restart_periodに関してご迷惑をおかけしてます。ご指摘ありがとうございました。

コードを確認したところ、ステップ数がexchange_periodの倍数かつrstout_periodの倍数の時にrestartを記述するようです。（つまり、exchange_period = 1000, rstout_period=5000の場合は5000ステップ毎にrstファイルを出力する)

rstout_periodがexchange_periodの倍数でない場合に、想定ではないふるまいをします。これに関しては、次期バージョンかそれ以降に、問題のインプットをエラーで終了させるようにし、マニュアルにも記載するように検討します。

よろしくお願いいたします。

 

小林