fret_analysis
“fret_analysis” is a tool to compute FRET efficiency between two dyes.
[INPUT]
psffile = FRET_test_insulin.psf
reffile = FRET_test_insulin.pdb
[OUTPUT]
outfile = FRET_efficiency.out # output file name
[TRAJECTORY]
trjfile1 = FRET_test_insulin.dcd
md_step1 = 10
mdout_period1 = 1
ana_period1 = 1
trj_format = DCD
trj_type = COOR+BOX
trj_natom = 0
[SELECTION]
group1 = rnam:CY3R & (an:NZM | an:CMX | an:CMY \
or an:CM1 | an:CM2 | an:CM3 | an:CM4 \
or an:CM5 | an:CM6 | an:CM7 | an:CM8 \
or an:SM | an:OM1 | an:OM2 | an:OM3 \
or an:CD1 | an:CD2 | an:CD3 \
or an:NZN | an:CNX | an:CNY \
or an:CN1 | an:CN2 | an:CN3 | an:CN4 \
or an:CN5 | an:CN6 | an:CN7 | an:CN8 \
or an:SN | an:ON1 | an:ON2 | an:ON3)
group2 = rnam:CY5R & (an:NZM | an:CMX | an:CMY \
or an:CM1 | an:CM2 | an:CM3 | an:CM4 \
or an:CM5 | an:CM6 | an:CM7 | an:CM8 \
or an:SM | an:OM1 | an:OM2 | an:OM3 \
or an:CD1 | an:CD2 | an:CD3 | an:CD4 | an:CD5 \
or an:NZN | an:CNX | an:CNY \
or an:CN1 | an:CN2 | an:CN3 | an:CN4 \
or an:CN5 | an:CN6 | an:CN7 | an:CN8 \
or an:SN | an:ON1 | an:ON2 | an:ON3)
[OPTION]
check_only = NO
analysis_atom_1 = 1
analysis_atom_2 = 2
Forster_radius = 56.0