6.5. MPIジョブ投入時の指定

MPIジョブ投入時には、pjsubコマンドの--mpiオプションを利用して、静的に起動するプロセス形状、起動する静的プロセスの最大値、ランク割付ルールを指定することができます。

  1. 静的に起動するプロセス形状

  • pjsub --mpi shape

  1. 起動する静的プロセスの最大数

  • pjsub --mpi proc

  1. 生成するプロセスのランクの割付けルール

  • pjsub --mpi rank-map-bynode

  • pjsub --mpi rank-map-hostfile

  • pjsub --mpi rank-map-bychip

6.5.1. 静的プロセスの形状指定

pjsubコマンド（--mpi shape）を使用することで、静的に起動するプロセスの形状を指定できます。

プロセスの形状は、1次元、2次元、3次元の形状で-Lのnodeパラメータで指定するノード形状と同じ次元数を指定する必要があります。--mpiオプションのshapeパラメタが省略された場合は、-Lオプションのnodeパラメタの値が使用されます。
動的プロセスは、--mpi shapeで指定された範囲外で生成されます。

shapeパラメタ指定例

[1次元形状]

--mpi "shape=X"

[2次元形状]

--mpi "shape=XxY"

[3次元形状]

--mpi "shape=XxYxZ"

MPIプログラム（a.out）に対し、3次元のプロセス形状（X軸4、Y軸3、Z軸2）を指定する例を示します。

#!/bin/sh -x
#PJM -L "node=4x3x2"               # node数の指定（3次元指定）
#PJM -L "rscgrp=small"             # リソースグループの指定
#PJM --mpi "shape=4x3x2"           # 静的プロセス形状
#PJM -g groupname                  # 課題のグループ指定
#PJM -x PJM_LLIO_GFSCACHE=/vol000N # ジョブで使用するデータ領域のvolume
#
mpiexec -n 24 ./a.out              # 並列プロセス数24でa.outを実行

6.5.2. 静的プロセスの最大数指定

プログラム起動時に生成する最大のプロセス数は、pjsub --mpi procで指定します。

  • --mpi procで指定可能なプロセス数は、"--mpi shapeで指定した値×48" 以下となります。

  • --mpi procに、"--mpi shapeで指定した値の積×48"より大きい値を指定した場合、ジョブの受付が拒否されます。

  • --mpi procを省略した場合、--mpi shapeで指定した値の積 (形状から求まるノード数)が使用されます。--mpi shapeも省略した場合は、-L nodeで指定したノード数を採用します。

  • -L vnode指定時に、vnodeで指定した core 数以上の値を --mpi procに指定した場合、ジョブの受付が拒否されます。

#!/bin/sh -x
#PJM -L  "node=4"            # 割当ノード 4ノード （1次元形状）
#PJM -L  "rscgrp=small"      # リソースグループの指定
#PJM -L  "elapse=01:00:00"   # 経過時間制限 1時間
#PJM --mpi "shape=4"         # 静的プロセス形状
#PJM --mpi "proc=4"          # 静的プロセスの最大数4
#PJM -g groupname            # 課題のグループ指定
#PJM -x PJM_LLIO_GFSCACHE=/vol000N # ジョブで使用するデータ領域のvolume
#PJM -s                      # 統計情報出力
#
mpiexec -n 4 ./a.out         # a.outを実行