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y-komuroParticipantGENESIS開発チーム御中、
お世話になっております。エーザイ株式会社の小室と申します。標題についてお伺い致します。
REUSにおいてCVに沿ったPMFを求める際、reweightingとしてwham_analysisあるいはmbar_analysisが提供されていると思います。一方、CV以外の座標軸に対してPMFを得る際にもreweightingは必要と存じますが、その方法についてpmf_analysis (https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/samples/pmf_analysis/)を参考にお伺いさせて頂きます。
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.9b00761
上記の論文では、3つの系にGaREUSを適用し、CV以外の軸でPMFを描いていると存じます。例えばchignolinでは、CVはend-to-end distanceですが、Fig. 4aではこれと異なる2つの距離軸でPMFが描かれています。これを実現するには以下の手順で宜しいでしょうか。(GaMDのbias potentialはここでは無視し単なるREUSであると仮定した場合)
- CV(end-to-end distance)でREUSを実行
- mbar_analysisにおいて、cvfileにCV(end-to-end distance)を設定して実行
- pmf_analysisにおいて、weightfile に2で得られた*.weightファイルを設定、cvfileにはend-to-end distanceと異なる任意のCVを設定して実行
3で得られた*pmfが、指定した任意のCVに対するreweighting後のPMF。
以上、どうぞよろしくお願い致します。
小室
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oshimaModerator小室様
お世話になっております。GaREUS論文の著者の尾嶋です。
REUSのシミュレーションを行った後に、REUSで用いたCVとは異なるCVについてReweightingするときの方法についてですが、小室様が書かれていますように、
- CVを決めてREUSを実行する。
- トラジェクトリーをソーティングし、各パラメータ毎に(trj_analysis等を使って)CVを計算する。
- mbar_analysisで、cvfileに2で得たCVファイルを設定して実行し、weightfileを出力する。
- ソーティングしたトラジェクトリーを用い、REUSで用いたものと異なるCVを計算する。
- pmf_analysisで、weightfile に3で得たweightファイルを設定、cvfileには4で得たCVファイルを設定して実行する。
という順番で実行すると、pmf_analysisのコントロールファイルで指定したPMFファイルにReweightingされたPMFが出力されます。
よろしくお願いいたします。
尾嶋拓
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y-komuroParticipant尾嶋様
承知致しました。確認できて理解が深まりました。どうもありがとうございました。
小室
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