[y-komuro]

GENESIS開発チーム御中、

お世話になっております。エーザイ株式会社の小室と申します。標題についてお伺い致します。

REUSにおいてCVに沿ったPMFを求める際、reweightingとしてwham_analysisあるいはmbar_analysisが提供されていると思います。一方、CV以外の座標軸に対してPMFを得る際にもreweightingは必要と存じますが、その方法についてpmf_analysis (https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/samples/pmf_analysis/)を参考にお伺いさせて頂きます。

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.9b00761

上記の論文では、3つの系にGaREUSを適用し、CV以外の軸でPMFを描いていると存じます。例えばchignolinでは、CVはend-to-end distanceですが、Fig. 4aではこれと異なる2つの距離軸でPMFが描かれています。これを実現するには以下の手順で宜しいでしょうか。（GaMDのbias potentialはここでは無視し単なるREUSであると仮定した場合）

1. CV(end-to-end distance)でREUSを実行
2. mbar_analysisにおいて、cvfileにCV(end-to-end distance)を設定して実行
3. pmf_analysisにおいて、weightfile に2で得られた*.weightファイルを設定、cvfileにはend-to-end distanceと異なる任意のCVを設定して実行

3で得られた*pmfが、指定した任意のCVに対するreweighting後のPMF。

以上、どうぞよろしくお願い致します。

小室

[oshima]

小室様

 

お世話になっております。GaREUS論文の著者の尾嶋です。

REUSのシミュレーションを行った後に、REUSで用いたCVとは異なるCVについてReweightingするときの方法についてですが、小室様が書かれていますように、

1. CVを決めてREUSを実行する。
2. トラジェクトリーをソーティングし、各パラメータ毎に（trj_analysis等を使って）CVを計算する。
3. mbar_analysisで、cvfileに2で得たCVファイルを設定して実行し、weightfileを出力する。
4. ソーティングしたトラジェクトリーを用い、REUSで用いたものと異なるCVを計算する。
5. pmf_analysisで、weightfile に3で得たweightファイルを設定、cvfileには4で得たCVファイルを設定して実行する。

という順番で実行すると、pmf_analysisのコントロールファイルで指定したPMFファイルにReweightingされたPMFが出力されます。

よろしくお願いいたします。

 

尾嶋拓

[y-komuro]

尾嶋様

承知致しました。確認できて理解が深まりました。どうもありがとうございました。

小室