REUSにおけるreweightingに関しまして

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    • #16702

      y-komuro
      Participant

      GENESIS開発チーム御中、

      お世話になっております。エーザイ株式会社の小室と申します。標題についてお伺い致します。

      REUSにおいてCVに沿ったPMFを求める際、reweightingとしてwham_analysisあるいはmbar_analysisが提供されていると思います。一方、CV以外の座標軸に対してPMFを得る際にもreweightingは必要と存じますが、その方法についてpmf_analysis (https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/samples/pmf_analysis/)を参考にお伺いさせて頂きます。

      https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.9b00761

      上記の論文では、3つの系にGaREUSを適用し、CV以外の軸でPMFを描いていると存じます。例えばchignolinでは、CVはend-to-end distanceですが、Fig. 4aではこれと異なる2つの距離軸でPMFが描かれています。これを実現するには以下の手順で宜しいでしょうか。(GaMDのbias potentialはここでは無視し単なるREUSであると仮定した場合)

      1. CV(end-to-end distance)でREUSを実行
      2. mbar_analysisにおいて、cvfileにCV(end-to-end distance)を設定して実行
      3. pmf_analysisにおいて、weightfile に2で得られた*.weightファイルを設定、cvfileにはend-to-end distanceと異なる任意のCVを設定して実行

      3で得られた*pmfが、指定した任意のCVに対するreweighting後のPMF。

      以上、どうぞよろしくお願い致します。

      小室

    • #16722

      oshima
      Moderator

      小室様

       

      お世話になっております。GaREUS論文の著者の尾嶋です。

      REUSのシミュレーションを行った後に、REUSで用いたCVとは異なるCVについてReweightingするときの方法についてですが、小室様が書かれていますように、

      1. CVを決めてREUSを実行する。
      2. トラジェクトリーをソーティングし、各パラメータ毎に(trj_analysis等を使って)CVを計算する。
      3. mbar_analysisで、cvfileに2で得たCVファイルを設定して実行し、weightfileを出力する。
      4. ソーティングしたトラジェクトリーを用い、REUSで用いたものと異なるCVを計算する。
      5. pmf_analysisで、weightfile に3で得たweightファイルを設定、cvfileには4で得たCVファイルを設定して実行する。

      という順番で実行すると、pmf_analysisのコントロールファイルで指定したPMFファイルにReweightingされたPMFが出力されます。

      よろしくお願いいたします。

       

      尾嶋拓

    • #16724

      y-komuro
      Participant

      尾嶋様

      承知致しました。確認できて理解が深まりました。どうもありがとうございました。

      小室

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