[hagita]

GENESIS開発チーム御中

防衛大　萩田です。
富岳にて、GENESIS 2 beta版を利用させて頂き、検討しております。

自分たちで計算したい系のデータ（少し大きなもの）について、Intel計算機
では問題なくGENESISが動作しておりましたが、
富岳にて、同一のデータでの動作を確認したところ、問題が発生しました。

分析しますと、sp_pairlist_str.fppの164行目の、
if (.not. allocated(pairlist%num_nb15_calc1)) &
につきまして、
if (.not. allocated(pairlist%num_nb15_calc)) &
ではないかと思われますが、いかがでしょうか？

どうぞよろしくお願いします。

萩田

[ckobayashi]

GENESIS開発チーム、小林です。

富岳において、デバッグオプションをつけてコンパイルしていただき実行したログ(の一部、エラー部分がどこに起きている）を貼り付けていただくとは可能でしょうか？

デバッグオプションでのコンパイルは

% make clean

% ./configure –enable-debug=3 –enable-single –host=Fugaku

% make

よろしくお願いいたします。

＃ご指摘の部分に関しては、最初の一回のみ呼ばれるため、他の部分に原因がある可能性があります。ログを確認したいと思います。

[hagita]

GENESIS開発チーム、小林様、

お世話になっております。

この１カ所を通過すれば、問題なく動作しております。

164行目を if (.not. allocated(pairlist%num_nb15_calc1)) &
と元に戻して、実行した際のログを取得すればよろしいでしょうか？

ログ取得の前に、確認させてください。

どうぞよろしくお願いします。

萩田

[ckobayashi]

小林です。こちらこそお世話になっております。

ご連絡ありがとうございます。

はい。実際にどの部分でエラーが起きているのかを確認するために、変更前のコードで試していただくことを想定していました。

ただ、該当の部分を修正すると問題はなくなるのでしたら、わざわざデバッグオプションを試していただくのも申し訳なく思います。

もしよろしければ、今後の開発のために、修正前のコードで問題が起きているログ（の一部）を貼り付けていただけると幸いです。ご検討をお願いします。

 

[hagita]

GENESIS開発チーム、小林様、

お世話になっております。
レスポンスが遅くなり申し訳ありません。

インタラクティブノードにて、
compileを、ln -s /usr/share/automake-1.16/compile として、
autoreconf した後に、
フロントエンドで、クロスコンパイラ環境でmakeまで実施しました。
（前回は、インタラクティブノードでコンパイルしました。）

インタラクティブノードにて、
export OMP_NUM_THREADS=6
export PARALLEL=6
mpiexec -n 8 -stdout-proc ./out/%j/out -stderr-proc ./out/%j/err ../../genesis-2.0-master-DEBUG/bin/spdyn step4.1-R.inp
を実行しました。

エラーなしで、dcdファイルを作るところまで、動作しました。

従いまして、最初の１回の所なので、オリジナルのままで動作する
ことが確認できました。お手数をお掛けしました。

どうぞよろしくお願いします。

萩田

P.S.
大規模なデータを扱うために、
src/lib/fileio_grocrd.fppなどで、
　旧： read(file,'(i5,a5,a5,i5,3f8.3,3f8.3)’)
新： read(file,'(i5,a5,a5,i8,3f8.3,3f8.3)’)
　旧： write(file,'(i5,a5,a5,i5,3f8.3,3f8.3)’)
　新： write(file,'(i5,a5,a5,i8,3f8.3,3f8.3)’)
のように、変更しております。
上記の変更をしない場合は、下記のエラーが表示されます。
（今回の問題とは、直接関係ないと思っています。）
＝＝＝＝
jwe0173i-w line 317 Invalid decimal character . was detected (unit= 7).
(the relative position causing an error in a record = 50 )
1R01 C_15 1 52.701 36.824 45.630 -0.001 -0.000 0.000
?
error occurs at fileio_grocrd_mod.read_grocrd_ line 317 loc 0000000002faf450 o
ffset 0000000000001838
fileio_grocrd_mod.read_grocrd_ at loc 0000000002fadc18 called from loc 000
0000002faac9c in fileio_grocrd_mod.input_grocrd_ line 82
fileio_grocrd_mod.input_grocrd_ at loc 0000000002faa4f4 called from loc 000
0000001e6fbf8 in sp_input_mod.input_md_ line 471
sp_input_mod.input_md_ at loc 0000000001e6648c called from loc 000
00000027f0f58 in sp_setup_spdyn_mod.setup_spdyn_md_ line 168
sp_setup_spdyn_mod.setup_spdyn_md_ at loc 00000000027e6414 called from loc
0000000002971420 in spdyn.domain_decomposition_genesis_ line 309
spdyn.domain_decomposition_genesis_ at loc 000000000296f1dc called from loc
000000000296e72c in MAIN__ line 122
MAIN__ at loc 000000000296da6c called from o.s.
taken to (standard) corrective action, execution continuing.
＝＝＝＝

[ckobayashi]

GENESIS開発チーム、小林です。

ログのご提供をありがとうございました。

仰るようにpairlistの部分ではなく、インプットの座標ファイルの読み込みの部分で起きているようですね。

もっとも、sp_pairlist_str.fppのご指摘の部分は修正したほうがよいと思いますので、修正しておきます。ご連絡ありがとうございました。今後もよろしくお願いします。

小林