[ishida-hisashi]

富岳でGENESISを利用させていただいている量研機構の石田です。

Tutorial3-3にあるようなtrajectory解析（RMSD解析）をしたいので、以下のINPファイルにて

 

[INPUT]
reffile = ../em_k15K.pdb

[OUTPUT]
rmsfile = output.rms # RMSD file

[TRAJECTORY]
trjfile1 = npt_k15K_001.dcd # DCD trajectory file
md_step1 = 1000 # number of MD steps
mdout_period1 = 1 # MD output period
ana_period1 = 1 # analysis period
repeat1 = 1
trj_format = DCD # (PDB/DCD)
trj_type = COOR+BOX # (COOR/COOR+BOX)
trj_natom = 0 # (0:uses reference PDB atom count)

[SELECTION]
group1 = an:CA # selection group 1
[FITTING]
fitting_method = TR+ROT # NO/TR+ROT/TR/TR+ZROT/XYTR/XYTR+ZROT
fitting_atom = 1 # atom group

#[OPTION]
#analysis_atom = 1 # atom group

 

 

genesis-1.5.0/bin/trj_analysis INPを実行してみたのですが、

出力は

 

[STEP1] Read Control Parameters for Analysis

…

[STEP2] Set Relevant Variables and Structures

…

Define_Molecule> Summary of molecules
num_atoms = 383788 num_bonds = 0
num_angles = 0 num_dihedrals = 0
num_impropers = 0 num_cmap_terms = 0
num_residues = 0 num_molecules = 0
num_segments = 0 num_deg_freedom = 1151364
total_charge = 0.000

…

[STEP3] Analysis trajectory files

….

number of structures = 1000

 

Analyze> Detailed information in the output files

[STEP4] Deallocate memory

 

と正常に動作したように見えるのですが、output fileであるべきouput.rmsは見当たりません。

何がおかしいのか教えてください。よろしくお願いいたします。

なお、このINPファイルはtutorial-3.3/5_analysis/3_rmsd/INPを参考に作りました。

チュートリアルのINPファイルには

[OPTION]

analysis_atom = 1 # atom group

が書いてありますが、これを入れると、analysis_atomなるものはないというようなメッセージが出てエラーとなります。

 

[ckobayashi]

GENESIS開発チーム、小林です。

rmsdの解析は、rmsd_analysisかcrd_convertになります。

tutorial 3.3を見ると文章中にどのプログラムを使ったかは明記されてないようですので、修正します。ご連絡ありがとうございます。

示されたtutorial 3.3の入力ファイルから、rmsd_analysisでの解析だと思います。よろしくお願いいたします。

 

[ishida-hisashi]

小林様

rmsd_analysisで動作しました。ありがとうございました。

追加の質問です。rmsd_analysisのINPで

[SELECTION]

group1 = …

group2 = …

group3 ＝…

[FITTING]

fitting_atom = 1

fitting_atom = 2

fitting_atom = 3

[OPTION]

analysis_atom =1

analysis_atom = 2

analysis_atom =3

とすると、私がしたい解析（group1, group2, group3で選択した原子すべてに対して、fitting, analysisをしたい）とは異なり、group3についてのみのfitting, analysisをします。

どのようにINPを記述すれば、私がしたい解析になるのでしょうか？

石田

[tmori]

石田様

正しい答えか分かりませんが、以下のようなインプットになりそうな気がします。
group1, group2, group3 で選択する原子を or で繋げます。
よろしくお願いします。

GENESIS開発チーム 森

————

[SELECTION]

group1 = … or … or …

[FITTING]

fitting_atom = 1

[OPTION]

analysis_atom =1

[ishida-hisashi]

森様

ご回答ありがとうございました。
想定した動作をするようになりました。

今後ともよろしくお願いいたします。

石田