理化学研究所 計算科学研究センター

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R-CCS Cafe

R-CCS Cafe は、異分野融合のための足掛かりとして、計算科学研究センター(R-CCS)に集う研究者が井戸端会議的にざっくばらんに議論する場として、毎月2回程度予定しております。興味をお持ちの方は原則どなたでも参加可能です。

  • 目 的: 異分野間の壁を超えた研究協力を促進し、新しい学問分野の開拓を目指すため、 研究者間の情報交換・相互理解の場を提供し、研究協力のきっかけを作る。
  • 会 場:R-CCS 6階講堂もしくは1階セミナー室
  • 言 語:講演は日本語/英語、スライドは英語
  • その他:講演者は他分野の方にも理解できる発表を心掛け、参加者は積極的に質問しましょう。
  • 配 信:BlueJeansを用いた遠隔配信を行っております。
    各自の端末(Android、iOS系ではアプリインストール必須)およびTV会議システムにてご参加いただくことが可能です。参加される際には、マイクの音声等をミュートにされるようお願いいたします。

※R-CCS外部の方で参加希望の場合は r-ccs-cafe[at]ml.riken.jp までご連絡ください。

第194回 併設 特別セミナー 第1部
日時: 2020年7月10日(金)、14:10 - 14:40
場所: BlueJeansによる遠隔セミナー

・講演題目:『コロナストレスのセルフケア』基本編「30分で知るコロナストレス対処法」
・講演者::小原 美樹(臨床心理士、神田東クリニック/MPSセンター)
※発表・スライド共に日本語

講演要旨: 詳細を見る

新型コロナウイルスの感染拡大防止のために、私たちは生活や仕事への関わり方を大きく変化しなければならなくなりました。そのような変化は大きなストレスとなって身体や心に負担を与えます。変化に対する対処法をお伝えします。(発展編は後日開催予定です)
R-CCS Cafe 特別版「30分で知るコロナストレス対処法」

注意事項:
・参加の際はPCマイクの音声・ビデオをオフにされるようお願いいたします。
・当日の会場環境や通信状態により、やむなく配信を中止・中断する場合がございます。
・プログラムの内容、時間は予告なく変更される場合があります。
・ご使用の機器やネットワークの環境によっては、ご視聴いただけない場合がございます。
・インターネット中継に関する著作権は、主催者及び発表者に帰属します。なお、配信された映像及び音声、若しくはその内容を、理化学研究所の許可無くほかのウェブサイトや著作物等への転載,複製,改変等を行うことを禁じます。

第194回 併設 特別セミナー 第2部
日時: 2020年7月10日(金)、14:50 - 15:20
場所: BlueJeansによる遠隔セミナー

・講演題目:在宅勤務のストレス対処法~見えない部下のラインケア~
・講演者::小原 美樹(臨床心理士、神田東クリニック/MPSセンター)
※発表・スライド共に日本語

講演要旨: 詳細を見る

管理職向けの内容となっています。 在宅勤務が始まり、今まで関わってきた部下との関りが変わってきました。部下が抱える在宅勤務特有のストレスを理解して、遠隔でもできるラインケアのポイントをお伝えします。「元に戻る」だけではない、「新しい働き方」をお伝えします。
※途中と終わりに質問タイムを設けます。
R-CCS Cafe 特別版「30分で知るコロナストレス対処法」

注意事項:
・参加の際はPCマイクの音声・ビデオをオフにされるようお願いいたします。
・当日の会場環境や通信状態により、やむなく配信を中止・中断する場合がございます。
・プログラムの内容、時間は予告なく変更される場合があります。
・ご使用の機器やネットワークの環境によっては、ご視聴いただけない場合がございます。
・インターネット中継に関する著作権は、主催者及び発表者に帰属します。なお、配信された映像及び音声、若しくはその内容を、理化学研究所の許可無くほかのウェブサイトや著作物等への転載,複製,改変等を行うことを禁じます。

第193回 第1部
日時: 2020年7月6日(月)、16:00 - 16:20
(17:05 - 17:20 講演者を交えたフリーディスカッション、
17:20 - 自由討論(参加自由))
場所: BlueJeansによる遠隔セミナー

・講演題目:Agent simulation of the COVID19 propagation
・講演者::伊藤 伸泰(離散事象シミュレーション研究チーム、チームリーダー)
※発表・スライド共に英語

講演要旨: 詳細を見る

Formation of the COVID19 infection cluster and effectiveness of contact trace to suppress it are analyzed with computer simulation using an agent-based model. Some parameters are reported from clinical studies like incubation period(lognormal distribution with mean 5.6 days and SD 3.9 days) [1,2]. For these parameters, Monte Carlo sampling using these distribution functions are done. Parameters unknown for the COVID19 infection are assumed appropriately, for example, time interval being infective after infection be one third of pre-symptomatic or asymptomatic period, and check its effect with sensitivity analysis.
Simulations are made for systems with N agents in a closed system contacting with each other randomly among agents except ones in symptomatic state. Initially, there are one just-infected agent in pre-symptomatic state and (N-1) susceptible agents. Systems with N=1000 are simulated, but ones with smaller (more than a few) or larger N show statistically the same behavior. For a given number of basic reproduction, R0, contacting probability and infection probability are determined so that they realize the given R0 in average. Typical value of R0 used in the simulations are 2.5. For the contact trace, a privacy-preserving proximity trace[3] is simulated. When an agent found to be COVID19 positive, send alerts to agents contacted previous some interval and ask to be isolated for some period.
Sensitivity analysis for the model parameters are made, and the followings are observed:
(1) Time delay between symptomatic to alert, and basic reproduction number influence strongly on peak value of infected rate.
(2) Rate of asymptomatic agent affects on it.
(3) Effect of contact alert does not change if alert interval, that is, time interval of contact alert, and isolating time of alert receivers are longer than about one week. Contact alert does not work if these times are less than four days.
(4) Effect of contact alert is proportional to square of rate of agent with contact alert application.

注意事項:
・参加の際はPCマイクの音声・ビデオをオフにされるようお願いいたします。
・当日の会場環境や通信状態により、やむなく配信を中止・中断する場合がございます。
・プログラムの内容、時間は予告なく変更される場合があります。
・ご使用の機器やネットワークの環境によっては、ご視聴いただけない場合がございます。
・インターネット中継に関する著作権は、主催者及び発表者に帰属します。なお、配信された映像及び音声、若しくはその内容を、理化学研究所の許可無くほかのウェブサイトや著作物等への転載,複製,改変等を行うことを禁じます。

第193回 第2部
日時: 2020年7月6日(月)、16:20 - 16:40
(17:05 - 17:20 講演者を交えたフリーディスカッション、
17:20 - 自由討論(参加自由))
場所: BlueJeansによる遠隔セミナー

・講演題目:GENESIS 2.0 for Biomolecular Simulations
・講演者::杉田 有治(粒子系生物物理研究チーム、チームリーダー)
※発表・スライド共に英語

講演要旨: 詳細を見る

We have developed GENESIS software for biomolecular dynamics simulations for the last ten years. Originally, it was designed to utilize K computer, while it is also available on Intel CPU cluster, Intel KNL, and NVIDIA GPU clusters. Since Fugaku, the world fastest supercomputer in 2020, is composed of ARM CPU, we had to optimize GENESIS to Fugaku ARM architecture for the last few years. Co-design between system and application developers has worked well for this purpose. We could achieve significant acceleration of MD simulations using GENESIS on Fugaku compared to the same calculation on K computer. The accuracy in MD simulations has also been improved by introducing more accurate definitions of system temperature and pressure in MD simulations. This allows us to use a longer time step to integrate the equations of motion, suggesting a better performance than the standard simulation conditions. Using GENESIS 2.0 on Fugaku, protein dynamics in longer time scales and in realistic cellular environments is possible for better understanding of structure-dynamics-function relationships in biomacromolecules.

注意事項:
・参加の際はPCマイクの音声・ビデオをオフにされるようお願いいたします。
・当日の会場環境や通信状態により、やむなく配信を中止・中断する場合がございます。
・プログラムの内容、時間は予告なく変更される場合があります。
・ご使用の機器やネットワークの環境によっては、ご視聴いただけない場合がございます。
・インターネット中継に関する著作権は、主催者及び発表者に帰属します。なお、配信された映像及び音声、若しくはその内容を、理化学研究所の許可無くほかのウェブサイトや著作物等への転載,複製,改変等を行うことを禁じます。

第193回 第3部
日時: 2020年7月6日(月)、16:40 - 17:00
(17:05 - 17:20 講演者を交えたフリーディスカッション、
17:20 - 自由討論(参加自由))
場所: BlueJeansによる遠隔セミナー

・講演題目:Integrative approaches to study proteins involved in the regulation of circadian rhythm
・講演者::Florence Tama(計算構造生物学研究チーム、チームリーダー)
※発表・スライド共に英語

講演要旨: 詳細を見る

The circadian rhythm is regulated by a multitude of proteins interacting with each others. We will describe the use of MD simulations, cryo-EM data fitting in conjecture with mutagenesis experimental data to shed the light on the effects of cryptochrome proteins.

注意事項:
・参加の際はPCマイクの音声・ビデオをオフにされるようお願いいたします。
・当日の会場環境や通信状態により、やむなく配信を中止・中断する場合がございます。
・プログラムの内容、時間は予告なく変更される場合があります。
・ご使用の機器やネットワークの環境によっては、ご視聴いただけない場合がございます。
・インターネット中継に関する著作権は、主催者及び発表者に帰属します。なお、配信された映像及び音声、若しくはその内容を、理化学研究所の許可無くほかのウェブサイトや著作物等への転載,複製,改変等を行うことを禁じます。

第192回 第1部
日時: 2020年6月1日(月)、16:20 - 16:40
(17:00 - 17:20 講演者を交えたフリーディスカッション)
場所: BlueJeansによる遠隔セミナーとなります

R-CCS CafeではBlueJeansを用いた遠隔配信を行っております。
各自の端末およびTV会議システムにてご参加いただくことが可能です。
参加される際にはPCマイクの音声等をミュートにされるようお願いいたします。
※R-CCS外部の方で参加希望の場合は r-ccs-cafe[at]ml.riken.jp までご連絡ください。

・講演題目:FPGA Cluster Development : Research Testbed for New Approaches of Future HPC
・講演者:佐野 健太郎(プロセッサ研究チーム、チームリーダー)
※発表・スライド共に英語

講演要旨: 詳細を見る

We have been developing FPGA Cluster in order to research new approaches for future HPC, where we rely on circuit-reconfigurable computing with data-flow based, and customized architectures. As a part of FS2020 project,we have investigated possibilities on enhancing Fugaku with other computing architectures. We focus on FPGAs, Field-Programmable Gate Arrays, which can be used to construct arbitrary circuit structure on a chip for processing elements, memory subsystems, on-chip interconnects, and external networks. A cluster of such FPGA chips gives us testbeds for new architecture researches by allowing us to construct various machines and conduct experiments with them. In this talk, I introduce the overview of this FPGA cluster project, as well as the technical details of the system from hardware to software developed very recently, what we can do with them, and the present trend of FPGAs and new CMOS-digital-based architectures for HPC and Big-data processing applications.

注意事項:
・当日の会場環境や通信状態により、やむなく配信を中止・中断する場合がございます。
・プログラムの内容、時間は予告なく変更される場合があります。
・ご使用の機器やネットワークの環境によっては、ご視聴いただけない場合がございます。
・インターネット中継に関する著作権は、主催者及び発表者に帰属します。なお、配信された映像及び音声、若しくはその内容を、理化学研究所の許可無くほかのウェブサイトや著作物等への転載、複製、改変等を行うことを禁じます。

第192回 第2部
日時: 2020年6月1日(月)、16:40 - 17:00
(17:00 - 17:20 講演者を交えたフリーディスカッション)
場所: BlueJeansによる遠隔セミナーとなります

R-CCS CafeではBlueJeansを用いた遠隔配信を行っております。
各自の端末およびTV会議システムにてご参加いただくことが可能です。
参加される際にはPCマイクの音声等をミュートにされるようお願いいたします。
※R-CCS外部の方で参加希望の場合は r-ccs-cafe[at]ml.riken.jp までご連絡ください。

・講演題目:Research direction in climate study team toward the Fugaku era
・講演者:富田 浩文(複合系気候科学研究チーム、チームリーダー)
※発表・スライド共に英語

講演要旨: 詳細を見る

A year later, Fugaku starts. Based on the results achieved so far, our team will continue R & D of climate/weather modeling and tackle more important issues for the climate system. For example, establishment of a reliable large-eddy simulation of moist flow to understand phenomenological, energy balance problem as a climate system in simple situations, and so on. To handle large amounts of data, we will employ not only traditional deduction method but also induction method using data science. In this talk, I will introduce the main achievements of our team so far, and clarify the team strategy toward next 5 or 10 years.

注意事項:
・当日の会場環境や通信状態により、やむなく配信を中止・中断する場合がございます。
・プログラムの内容、時間は予告なく変更される場合があります。
・ご使用の機器やネットワークの環境によっては、ご視聴いただけない場合がございます。
・インターネット中継に関する著作権は、主催者及び発表者に帰属します。なお、配信された映像及び音声、若しくはその内容を、理化学研究所の許可無くほかのウェブサイトや著作物等への転載、複製、改変等を行うことを禁じます。

第191回
日時: 2020年2月13日(木)、13:00 - 13:40
場所: R-CCS 6階講堂

・講演題目:Teaching Computers to Understand Language
・講演者:Aleksandr Drozd(高性能人工知能システム研究チーム)
※発表・スライド共に英語

講演要旨: 詳細を見る

Natural language processing is a fast-growing field, with a rapid evolution of approaches and models. In the last 6 years, we have come a long way from word embeddings to contextualized representations to pre-trained transformers, with numerous success stories for NLP system performance on question answering, text classification, machine translation and other tasks.
Despite the successes, we are still very far from reliable verbal reasoning, and one of the unresolved issues is semantic compositionality. It is not only a practical challenge, but also a theoretical one, as there is still no consensus on what a compositional representation of morphologically complex word, phrase or a sentence should be like.
This talk provides an introduction to our research endeavor in the field of NLP, briefly introduces basics of NLP models and aspects of linguistic theory in which they are explicitly or implicitly grounded, particularly compositionality.

第190回 第1部
日時: 2020年2月3日(月)、13:00 - 13:40
場所: R-CCS 6階講堂

・講演題目:Recent advances in coarse-grained modeling of biomolecules and the implementation in GENESIS
・講演者:Cheng Tan(粒子系生物物理研究チーム)
※発表・スライド共に英語

講演要旨: 詳細を見る

Compared with all-atom force fields, early coarse-grained (CG) models were once considered as "toys" to study qualitative properties of biophsical processes such as protein folding. However, as people's interest increases in large-scale biological phenomenons, such as genome organization, liquid-liquid phase separation, and virus capsid assembly, CG models begin to show their advantage in lower computational cost. On the other hand, recent development of the CG models also gained great success in improving the accuracy. We first review the advances of the latest CG models for protein, DNA, and RNA. We then describe the currenet progress of the implementation of these models in the MD software GENESIS. At last, we show some simple applications of the CG simulations with GENESIS.

第190回 第2部
日時: 2020年2月3日(月)、13:40 - 14:20
場所: R-CCS 6階講堂

・講演題目:Simulations of dynamics in quantum many-body systems
・講演者:白川 知功(量子系物質科学研究チーム)
※発表・スライド共に英語

講演要旨: 詳細を見る

The quantum many-body systems give us a rich field which potentially yields unexpected phenomena. Especially, their dynamics have attracted much attention due to the recent progress of the experimental realizations. The striking examples are the quantum computations since both of the quantum annealing and the gate-type quantum devices can be regarded as the controlled dynamics of the quantum many-body systems. In this talk, I would like to discuss our recent studies on the dynamics for quantum many-body systems, including the photo-induced superconductivity as well as the simulations of the gate-type quantum computations.