理化学研究所 計算科学研究センター

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”巨大” な生体分子を高速シミュレーション ~超並列分子動力学計算ソフトウェア「GENESIS」~

生命活動を担う数百種類の細胞。細胞の働きを分子レベルから知ることができれば、私たちは生命の不思議を解き明かすカギを手に入れ、難病の原因究明や新薬の開発などにも応用していくことができます。しかし細胞の中のタンパク質分子の動き全部を計算するには、1秒間に1京回計算する「京」の性能でもまだ足りないという、途方もなく大規模な計算が必要です。
超並列分子動力学計算ソフトウェア「GENESIS(ジェネシス)」は、必要に応じて計算の条件を変えたり、計算を効率的に行う仕組みを取り入れたりするなど、数々の工夫を盛り込むことで、細胞内の環境を想定した1億個の原子が集まっている分子システムに対しても、高速なシミュレーションを可能としました。GENESISによって、今後の生命科学への応用に向けたさまざまな知見がもたらされることが期待されています。

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