理化学研究所 計算科学研究センター

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分子動力学計算によるタンパク質の機能解析

計算生命科学の基礎Ⅱ 「分子動力学計算によるタンパク質の機能解析」 計算科学的手法の一種であり、古典力学に基づいて分子の動きをシミュレーションする分子動力学(MD)計算について、その基礎理論と計算方法を概説する。また、タンパク質を対象とした分子動力学シミュレーションを行う上で必要となる背景知識(特に、力場の取り扱い)や、計算手順、および解析法を紹介する。さらに、分子動力学計算の応用例として、タンパク質と低分子化合物との結合強度予測法(MP-CAFEE)および拡張サンプリングシミュレーションについて、実例を用いて紹介する。